GreeNC數(shù)據(jù)庫有什么用

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GreeNC數(shù)據(jù)庫收錄了植物和藻類的lncRNA信息，網(wǎng)址如下

http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

該數(shù)據(jù)庫中的lncRNA是軟件預(yù)測的結(jié)果, pipeline示意如下

利用RNA_seq數(shù)據(jù)組裝得到轉(zhuǎn)錄本之后，再進(jìn)行以下幾個篩選步驟

1. 挑選長度大于200nt的轉(zhuǎn)錄本；

2. 挑選ORF長度小于360nt(蛋白質(zhì)小于120個氨基酸)的轉(zhuǎn)錄本；

3. 和swiss-prot蛋白數(shù)據(jù)庫比對，挑選沒有比對上的轉(zhuǎn)錄本或者采用CPC軟件預(yù)測蛋白編碼潛能，挑選預(yù)測結(jié)果為non-coding的轉(zhuǎn)錄本，取兩種方法的并集作為候選的lncRNA;

4. 和miRBase，Rfam數(shù)據(jù)庫比對，挑選沒有比對上的轉(zhuǎn)錄本作為最終的lncRNA

   
   

對于預(yù)測到的lncRNA序列，通過Repeatmasker軟件分析其中的重復(fù)元件。所有預(yù)測的lncRNA， 又分為以下兩類

1. high confidence

2. low confidence

   
   

和swissport沒有比對結(jié)果，CPC軟件預(yù)測為non-coding, 沒有比對上miRBase和Rfam數(shù)據(jù)庫，同時符合這3點(diǎn)條件的lncRNA, 歸類為high confidence，如果只滿足其中2個條件，歸類為low confidence; 還有一種情況，如果一個lncRNA的重復(fù)元件比例太多，也被歸類為low confidence。

目前該數(shù)據(jù)庫收錄了49個物種的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa為例，檢索結(jié)果如下所示

默認(rèn)只展示5個lncRNA信息，通過右下方的more，可以查看完整結(jié)果，示意如下

1. Genes

2. Transcripts

該數(shù)據(jù)庫預(yù)測lncRNA的策略較為嚴(yán)格，值得我們借鑒。

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