lncRNASNP數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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lncRNASNP數(shù)據(jù)庫(kù)收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位點(diǎn)信息，通過以下兩種思路將lncRNA與SNP結(jié)合起來

1. 探究SNP位點(diǎn)對(duì)于lncRNA結(jié)構(gòu)的影響

2. 分析SNP位點(diǎn)對(duì)于lncRNA與miRNA結(jié)合的影響

   
   

除此之外，還提供了lncRNA,SNP在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的相關(guān)信息，比如lncRNA在各種腫瘤中的表達(dá)譜，SNP位點(diǎn)在各種疾病中的突變情況。該數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)址如下

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP2

對(duì)于一個(gè)lncRNA, 包含了以下幾種信息

1. 基本信息

2.  位于lncRNA上的SNP位點(diǎn)

包含以下3種來源的SNP位點(diǎn)

1. dbsnp

2. TCGA

3. Cosmic

   
   

以dbsnp數(shù)據(jù)庫(kù)為例，結(jié)果示意如下

3. lncRNA相關(guān)疾病

包含lncDisease數(shù)據(jù)庫(kù)中提供的實(shí)驗(yàn)證據(jù)支持的相關(guān)疾病和使用TAM軟件預(yù)測(cè)的信息，示意如下

4. lncRNA與miRNA結(jié)合位點(diǎn)信息

采用軟件預(yù)測(cè)lncRNA與miRNA結(jié)合區(qū)域信息，一個(gè)lncRNA會(huì)存在多個(gè)miRNA結(jié)合位點(diǎn)，示意如下

點(diǎn)擊每個(gè)miRNA，可以看到軟件預(yù)測(cè)的詳細(xì)結(jié)果

采用了Pita, MiRanda, TargetScan3款軟件進(jìn)行預(yù)測(cè)。

4. SNP位點(diǎn)對(duì)lncRNA-miRNA結(jié)合的影響

包括以下兩種影響

1. gain

2. loss

   
   

gain指的是原本lncRNA與miRNA沒有結(jié)合位點(diǎn)，突變之后的lncRNA與miRNA存在結(jié)合位點(diǎn)，loss則與之相反，示意如下

5. lncRNA在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的表達(dá)譜

采用柱狀圖的形式展示在不同腫瘤中的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，示意如下

官網(wǎng)還提供了在線工具，可以分析突變位點(diǎn)對(duì)于lncRNA-miRNA結(jié)合的影響以及SNP對(duì)于lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響，如下所述

1. 突變位點(diǎn)對(duì)lncRNA-miRNA結(jié)合的影響

只需要輸入lncRNA的野生型序列和突變型序列，采用上述的3種軟件預(yù)測(cè)miRNA與兩種序列的結(jié)合位點(diǎn)，從而分析突變對(duì)于lncRNA-miRNA結(jié)合的影響，示意如下

2. SNP對(duì)于lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響

采用RNAsnp軟件預(yù)測(cè)snp位點(diǎn)對(duì)于lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響，示意如下

官網(wǎng)還提供了很多的功能，具體用法請(qǐng)移步官網(wǎng)自行探究。

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