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這期內(nèi)容當中小編將會給大家?guī)碛嘘P基于網(wǎng)絡的腫瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么樣的，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。
SurvNet是一種基于網(wǎng)絡的算法，用于識別與患者生存狀態(tài)相關的biomarker,
如下圖所示，該軟件需要提供3個輸入文件
networ表示的是基因間的網(wǎng)絡，可以是相互作用網(wǎng)絡， 調(diào)控網(wǎng)絡等，文件內(nèi)容示意如下
\t分隔的兩列，每一行代表具有相互作用的兩個基因。
expression表示的是基因在樣本中的表達量，文件內(nèi)容示意如下
survival代表樣本的生存狀態(tài)，內(nèi)容如下所示
上述3個文件上傳完成之后，直接點擊Submit運行即可。結果示意如下
該算法是在整個網(wǎng)絡中搜索與患者的生存狀態(tài)相關的子網(wǎng)subnetwork, 結果按照p值進行排序，點擊Graph按鈕可以查看子網(wǎng)的結果，示意如下
SurvNet提供了一種分析生存相關biomarker的新算法，是目前唯一一個基于網(wǎng)絡的生存相關biomaker挖掘算法，值得一試。
上述就是小編為大家分享的基于網(wǎng)絡的腫瘤biomarker基因查找算法SurvNet是怎么樣的了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注億速云行業(yè)資訊頻道。
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