腫瘤分析中的OncoMap指的是什么

腫瘤分析中的OncoMap指的是什么，針對這個問題，這篇文章詳細(xì)介紹了相對應(yīng)的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。

在瀏覽CCLE中的數(shù)據(jù)時，看到了如下的突變檢測結(jié)果文件

這里的Oncomap究竟是什么呢？查詢了很多結(jié)果之后發(fā)現(xiàn)，OncoMap其實是一種腫瘤體細(xì)胞突變檢測平臺，該技術(shù)最早在2009年由Laura E. MacConaill等提出，相關(guān)的文章標(biāo)題如下

Profiling Critical Cancer Gene Mutations in Clinical
Tumor Samples

文章鏈接如下

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2774511/pdf/PCD63A109.pdf

在當(dāng)時NGS技術(shù)還沒有大規(guī)模應(yīng)用到突變檢測領(lǐng)域，也沒有各種成熟的體細(xì)胞突變檢測算法，基本上都是針對某一個基因上體細(xì)胞突變進(jìn)行鑒定和分析。為了更好的開展腫瘤體細(xì)胞突變的研究，作者提出了一種檢測腫瘤樣本mutation profile的方法，示意圖如下

大致分為以下幾個步驟

1. 從新鮮凍存或者石蠟包埋的腫瘤組織中提取出DNA，通過質(zhì)譜儀得到質(zhì)譜圖

2. 基于質(zhì)譜圖， 算法自動識別突變位點的的分型結(jié)果

3. 人工校驗，得到高可信度的突變譜

   
   

其核心是根據(jù)已知的突變位點設(shè)計芯片，在最初版本，即v1版本中，包含了來自33個腫瘤基因共460個突變位點，這項技術(shù)就稱之為oncomap, 在當(dāng)時算得上是一種高通量的分型技術(shù)了，很多文章都應(yīng)用該技術(shù)來研究腫瘤中的突變情況，比如下面這篇文章

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5266405/

OncoMap從發(fā)明以來，不斷改進(jìn)，目前已經(jīng)升級到了v4版本，CCLE數(shù)據(jù)庫中的分型結(jié)果是基于v3的，CCLE_Oncomap3_Assays_2012-04-09.csv文件中內(nèi)容如下

列數(shù)很多，這里只截取了部分，每一行代表一個突變位點，第二列的方向代表了芯片檢測位點和突變位點的方向，F(xiàn)表示兩個位點的方向相同，位于同一條鏈上，R表示兩個位點的方向相反，位于反向互補(bǔ)鏈上，其他列記錄了該突變位點對應(yīng)的基因，轉(zhuǎn)錄本，蛋白等信息。Oncomap可以看做是一個panel,針對已知的突變位點進(jìn)行設(shè)計，和芯片類似。

關(guān)于腫瘤分析中的OncoMap指的是什么問題的解答就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道了解更多相關(guān)知識。