對(duì)peak區(qū)域進(jìn)行基因注釋的在線工具PAVIS是怎樣的

發(fā)布時(shí)間：2021-12-29 15:23:50 來(lái)源：億速云閱讀：140 作者：柒染欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章給大家介紹對(duì)peak區(qū)域進(jìn)行基因注釋的在線工具PAVIS是怎樣的，內(nèi)容非常詳細(xì)，感興趣的小伙伴們可以參考借鑒，希望對(duì)大家能有所幫助。

PAVIS是一個(gè)在線工具，可以對(duì)peak區(qū)間與基因組各個(gè)特種的overlap情況進(jìn)行注釋。

對(duì)于一個(gè)gene而言，將其分成了以下區(qū)域，圖示如下

藍(lán)色方框代表外顯子，紅色線條代表內(nèi)含子，在第一個(gè)外顯子的5’端為轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)TSS, 在最后一個(gè)外顯子的3’端為轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)TTS。TSS和TTS之間的所有序列通過(guò)剪切形成成熟mRNA序列。在剪切過(guò)程中內(nèi)含子會(huì)被去除，只保留外顯子。mRNA在翻譯過(guò)程中，在5’端和3’端各有一段不翻譯的區(qū)域，稱之為UTR,對(duì)應(yīng)圖中綠色方框的部分。

TSS上游區(qū)域稱之啟動(dòng)子區(qū)，也稱之為upstream, 由于沒有明確的長(zhǎng)度定義，在實(shí)際處理中，通常取一個(gè)固定的閾值，比如2kb等；與之對(duì)應(yīng)，在TTS下游的區(qū)域稱之為downstram, 也是取一個(gè)固定長(zhǎng)度。

在線工具的用法如下，首先選取對(duì)應(yīng)的基因注釋，并定義upstream和downstream的長(zhǎng)度，然后上傳bed格式的peak文件就可以了，示意如下

對(duì)peak區(qū)域進(jìn)行基因注釋的在線工具PAVIS是怎樣的