barrnap是如何預(yù)測(cè)基因組上的核糖體RNA

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RNAmmer這款rRNA預(yù)測(cè)軟件只有大學(xué)和科研機(jī)構(gòu)的用戶可以免費(fèi)使用。本著開源的精神，有個(gè)科研團(tuán)隊(duì)開發(fā)了barrnap這款軟件，完全開源免費(fèi)，github鏈接如下

https://github.com/tseemann/barrnap

該軟件支持以下類型的rRNA的預(yù)測(cè)

1. bacteria (5S,23S,16S),

2. archaea (5S,5.8S,23S,16S),

3. metazoan mitochondria (12S,16S)

4. eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S)

   
   

和RNAmmer相比，除了基礎(chǔ)的細(xì)菌，古菌，真核生物外，新增了線粒體生的rRNA預(yù)測(cè)。

該軟件采用perl語言開發(fā)，依賴nhmmer和bedtools,安裝過程如下

git clone https://github.com/tseemann/barrnap

通過git將源代碼下載到本地即可，在bin目錄下，就是可執(zhí)行程序。需要注意的是，要確保nhmmer和bedtools這兩個(gè)軟件已經(jīng)安裝，并且將對(duì)應(yīng)的路徑添加到PATH環(huán)境變量中。

軟件的基本用法如下

barrnap --kingdom bac  --threads 8 --quiet small.fna  > rRNA.gff3

--kingdom參數(shù)指定物種類型，bac代表細(xì)菌，arc代表古菌，euk代表真核生物，mito代表后生動(dòng)物線粒體；--threads指定并行的線程數(shù)。

預(yù)測(cè)結(jié)果以GFF3格式保存，示例如下

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