TSGene是什么數(shù)據(jù)庫(kù)

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抑癌基因tumor suppressor gene，簡(jiǎn)稱TSG,是一類存在于正常細(xì)胞內(nèi)，可以抑制細(xì)胞生長(zhǎng)并且具有潛在抑癌作用的基因。TSGene是一個(gè)從文獻(xiàn)中收集整理的抑癌基因數(shù)據(jù)庫(kù)

數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)址如下

https://bioinfo.uth.edu/TSGene/

最新版本為v2.0版本，共收錄了1217個(gè)human TSGs, 其中包含1018個(gè)蛋白編碼基因和199個(gè)lncRNA，同時(shí)對(duì)這些基因進(jìn)行了多種注釋，包括表達(dá)量，突變位點(diǎn)，蛋白相互作用等注釋信息。通過官網(wǎng)的Query菜單，可以檢索基因的詳細(xì)信息，以BRCA1為例，結(jié)果如下

1. General information

包含了基因名稱，染色體位置，對(duì)應(yīng)的pathway與疾病，序列等信息，示意如下

2. Literature

展示了該基因相關(guān)的文獻(xiàn)和摘要信息，示意如下

3. Expression

展示該基因在不同腫瘤的正常和患病樣本的表達(dá)量信息，以及差異分析的結(jié)果，示意如下

4. Regulation

包含了以下四種調(diào)控信息

1. miRNA與該基因的調(diào)控關(guān)系

2. 轉(zhuǎn)錄因子與該基因的調(diào)控關(guān)系

3. 該基因的轉(zhuǎn)錄后修飾

4. 該基因的甲基化表達(dá)譜

   
   

利用miRTarBase數(shù)據(jù)庫(kù)中的miRNA靶基因信息，提供了如下所示的miRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，示意如下

利用TransFac數(shù)據(jù)庫(kù)提供了調(diào)控該基因的轉(zhuǎn)錄因子信息，示意如下

利用Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)提供了該基因的轉(zhuǎn)錄后修飾信息，示意如下

利用DiseaseMeth數(shù)據(jù)庫(kù)提供了該基因上的甲基化位點(diǎn)表達(dá)譜信息，示意如下

5. Variant

利用COSMIC數(shù)據(jù)庫(kù)，提供了該基因上的體細(xì)胞突變和CNV位點(diǎn)信息，體細(xì)胞突變的結(jié)果示意如下

6. Interaction

提供了基因的相互作用信息，其相互作用來(lái)源于多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，示意如下

數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息是免費(fèi)下載的，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)和ONGene數(shù)據(jù)庫(kù)正好互補(bǔ)，對(duì)于腫瘤研究而言，這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)都非常值得參考。

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