NCG是什么數(shù)據(jù)庫

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驅(qū)動(dòng)基因的識(shí)別是腫瘤基因組學(xué)研究中的一項(xiàng)重要內(nèi)容，NCG是一個(gè)腫瘤驅(qū)動(dòng)基因的數(shù)據(jù)庫，目前最新版本為v6.0, 網(wǎng)址如下

http://ncg.kcl.ac.uk/index.php

共收錄了2372個(gè)驅(qū)動(dòng)基因，分成以下兩個(gè)部分

1. 711 Known cancer genes

2. 1661 Candidate cancer genes

   
   

對(duì)于每個(gè)基因，提供了多種注釋信息，以PTEN為例，包含以下幾個(gè)部分的注釋信息

1. General information

提供了基因在NCBI， Ensembl, Uniprot等數(shù)據(jù)庫的鏈接，同時(shí)也提供了蛋白結(jié)構(gòu)域SMART, 體細(xì)胞突變COSMC，相關(guān)疾病OMIM等數(shù)據(jù)庫的鏈接，示意如下

2.  Cancer Information

提供了該基因相關(guān)的腫瘤信息，以COSMIC數(shù)據(jù)庫和對(duì)應(yīng)的pubmed文獻(xiàn)鏈接的形式查看，示意如下

3. Orthology

提供了該基因在不同物種間的同源信息，示意如下

4. Gene Expression in Normal Tissues

提供了來自以下兩個(gè)數(shù)據(jù)庫中的基因表達(dá)量信息

1. GTEx

2. HPA

   
   

5. Protein Expression in Normal Tissues

提供了來自HPA數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)表達(dá)量信息，結(jié)果示意如下

6. Protein Function

提供了來自以下3個(gè)數(shù)據(jù)庫的功能注釋

1. KEGG

2. Reactome

3. BioCarta

   
   

結(jié)果示意如下

7. Duplicablity

通過blat比對(duì)的方式鑒定在該基因在基因組上的同源區(qū)域，結(jié)果示意如下

8. Network Properties

利用BioGRID, MIntAct, DIP, HPRD， Reactome等數(shù)據(jù)庫，提供了該基因與其他基因的互作網(wǎng)絡(luò)，由蛋白互作和蛋白復(fù)合體兩部分構(gòu)成，結(jié)果示意如下

9. Gene Expression in Cancer Cell Lines

提供了來自CCLE數(shù)據(jù)庫的基因表達(dá)量信息，結(jié)果示意如下

10. Gene Essentiality

利用PICKLES, OGEE數(shù)據(jù)庫對(duì)基因的重要程度進(jìn)行評(píng)分，結(jié)果示意如下

11. miRNA-Gene interactions

利用miRTarBase, miRecords 數(shù)據(jù)庫中的miRNA靶基因信息，提供了該基因與miRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果示意如下

通過該數(shù)據(jù)庫，可以快速檢索腫瘤的驅(qū)動(dòng)基因，并對(duì)基因的各種注釋信息進(jìn)行查看和分析。

以上是“NCG是什么數(shù)據(jù)庫”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！