如何使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

本篇內(nèi)容介紹了“如何使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif”的有關(guān)知識(shí)，在實(shí)際案例的操作過程中，不少人都會(huì)遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細(xì)閱讀，能夠?qū)W有所成！

MEME-ChIP是一款綜合性的motif分析軟件，集成了以下幾款軟件

1. MEME

2. DREME

3. CentriMo

4. Tomtom

5. FIMO

6. SpaMo

   
   

適用于分析數(shù)據(jù)量較大的序列上的motif信息。首先通過MEME和DREME兩款軟件預(yù)測(cè)de novo motif, 然后利用CentriMo識(shí)別在序列的中心區(qū)域顯著富集的motif, 同時(shí)采用Tomtom軟件將預(yù)測(cè)到的de novo motif與指定數(shù)據(jù)庫(kù)的已知motif進(jìn)行比對(duì)，確定二者的相似度。最后利用FIMO軟件預(yù)測(cè)motif在輸入序列上的結(jié)合位點(diǎn)。

在線工具的網(wǎng)址如下

http://meme-suite.org/tools/meme-chip

只需要提供輸入序列就可以了

默認(rèn)情況下，自動(dòng)提取輸入序列中心區(qū)域上下游各50bp的序列用于后續(xù)分析，因?yàn)?code>DREME軟件針對(duì)長(zhǎng)度在100bp左右的序列其效果最佳。

輸出結(jié)果如下所示

第一列為motif對(duì)應(yīng)的sequence  logo, 第二列為識(shí)別到給motif對(duì)應(yīng)的軟件，第三列為motif對(duì)應(yīng)的E value, 第四列為Tomtom比對(duì)得到的已知motif, 第五列為Centrimo分析得到的motif結(jié)合位點(diǎn)在輸入序列上的分布，最后一列為SpaMo和FIMO軟件的分析結(jié)果，其中GFF3文件保存在motif在輸入序列上的結(jié)合位點(diǎn)。

命令行版本的基本用法如下

meme-chip \
-meme-p 6 \
-oc out_dir \
-db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \
input.fna

其中-meme-p指定運(yùn)行MEME時(shí)的線程數(shù)，MEME這個(gè)軟件的運(yùn)行速度減慢，多線程可以提高運(yùn)行速度,-db參數(shù)指定已知motif的數(shù)據(jù)庫(kù)，在該軟件的官網(wǎng)提供了motif的數(shù)據(jù)庫(kù)供下載。

相比MEME和DREME, MEME-ChIP功能更加的強(qiáng)大。

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