如何使用seqLogo可視化motif

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seqLogo是一個(gè)bioconductor上的R包，專門用于DNA序列的motif可視化，網(wǎng)址如下

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/seqLogo.html

因?yàn)楣δ艿膯我恍?，所以其用法也特別的簡(jiǎn)單，只需要輸入motif對(duì)應(yīng)的PPM矩陣就可以了，下面通過(guò)一個(gè)實(shí)際例子來(lái)看下

上圖為一個(gè)motif的PFM矩陣，只需要通過(guò)以下幾個(gè)步驟就可以得到對(duì)應(yīng)的sequence logo。

1. 讀取PFM矩陣

將PFM矩陣保存在一個(gè)文件pfm.txt中，內(nèi)容如下

注意PFM矩陣中規(guī)定堿基順序?yàn)?code>ACGT, 不能任意調(diào)換堿基的順序。通過(guò)R語(yǔ)言來(lái)讀取，代碼如下

data <- read.table("pfm.txt", header = F, sep = "\t", row.names = 1)

2. 生成PPM矩陣

PPM矩陣就是將PFM矩陣中的頻數(shù)轉(zhuǎn)化成頻率，除以每列的總和就可以了, 代碼如下

ppm <- sapply(1:ncol(data), function(t){ data[[t]] / sum(data[[t]]) })

ppm的內(nèi)容如下

因?yàn)樾械捻樞蚪y(tǒng)一為ACGT, 所以我們不需要設(shè)置行名稱。

3. 繪圖

基本用法如下

p <- makePWM(ppm)
seqLogo(p)

輸出結(jié)果示意如下

相比其他工具，這個(gè)R包的功能較為單一，存在無(wú)法調(diào)整配色方案等問(wèn)題，但是作為一個(gè)可視化工具，其足夠簡(jiǎn)單，已經(jīng)能滿足基本要求。

感謝各位的閱讀，以上就是“如何使用seqLogo可視化motif”的內(nèi)容了，經(jīng)過(guò)本文的學(xué)習(xí)后，相信大家對(duì)如何使用seqLogo可視化motif這一問(wèn)題有了更深刻的體會(huì)，具體使用情況還需要大家實(shí)踐驗(yàn)證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關(guān)知識(shí)點(diǎn)的文章，歡迎關(guān)注！