如何使用motif分析的綜合性工具M(jìn)EME

如何使用motif分析的綜合性工具M(jìn)EME，很多新手對(duì)此不是很清楚，為了幫助大家解決這個(gè)難題，下面小編將為大家詳細(xì)講解，有這方面需求的人可以來(lái)學(xué)習(xí)下，希望你能有所收獲。

MEME是一個(gè)motif分析的工具箱，提供了多種相關(guān)工具，

根據(jù)分析目的和功能，將相關(guān)工具劃分成了以下4大類(lèi)別

1. Motif Discovery

這部分工具用于預(yù)測(cè)輸入序列上的motif信息，支持DNA，RNA或者蛋白序列，對(duì)應(yīng)的功能稱(chēng)之為de novo motif discovery,包含的工具列表如下

1. MEME

2. DREME

3. MEME-ChIP

4. GLAM2

5. MoMo

   
   

常見(jiàn)的應(yīng)用場(chǎng)景是根據(jù)chip_seq等數(shù)據(jù)獲取到的peak序列，挖掘這些序列中存在的模式特征。以MEME為例，輸出結(jié)果示意如下

2. Motif Enrichment

這部分工具用于分析已知的motif在輸入序列上的富集情況，包含的工具列表如下

1. CentriMo

2. AME

3. SpaMo

4. GOMo

   
   

常見(jiàn)的應(yīng)用場(chǎng)景是根據(jù)ATAC_seq的peak序列，分析在這些序列中出現(xiàn)富集的已知motif。以CentriMo為例，輸出結(jié)果示意如下

3. Motif Scanning

這部分工具用于分析輸入序列上可能的motif出現(xiàn)的位置，包含的工具列表如下

1. FIMO

2. MAST

3. MCAST

4. GLAM2SCan

   
   

常見(jiàn)的應(yīng)用場(chǎng)景是根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子的motif，分析在某個(gè)基因的啟動(dòng)子區(qū)序列上是否存在對(duì)應(yīng)的結(jié)合位點(diǎn)。以FIMO為例，輸出結(jié)果示意如下

4. Motif Comparison

這部分工具用于比較不同motif之間的相似性，包含了Tomtom這個(gè)工具。motif既包含了一致性序列，也包含了PFM矩陣信息，借助這個(gè)工具，可以有效的判斷兩個(gè)motif之間的相似性。經(jīng)典的應(yīng)用場(chǎng)景是將分析到的de novo motif與已知的motif數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行分析比對(duì)，查找相似的motif, 輸出結(jié)果示意如下

MEME同時(shí)提供了在線(xiàn)版和本地版，功能強(qiáng)大的同時(shí)使用方式也較為簡(jiǎn)單，是motif分析的利器。

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