motif中PFM矩陣是怎么樣的

小編給大家分享一下motif中PFM矩陣是怎么樣的，希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲，下面讓我們一起去探討吧！

PFM全稱為position  frequency matrix, 用于代表motif的堿基分布頻數(shù)，本身是一個(gè)很容易了解的概念，以下圖所示的motif序列為例

根據(jù)以上8條序列可以統(tǒng)計(jì)出對(duì)應(yīng)的堿基分布頻數(shù)，如下所示

每行為一種堿基，每一列為motif的一個(gè)位置。

在描述motif信息時(shí)，除了一致性序列和sequence  logo外，PFM矩陣也是一個(gè)常見的元素。不同軟件會(huì)有不同的標(biāo)準(zhǔn)，理解這些格式就是本文的核心內(nèi)容。

JASPAR是一個(gè)常用的轉(zhuǎn)錄因子motif數(shù)據(jù)庫(kù)，在該數(shù)據(jù)庫(kù)中，針對(duì)PFM矩陣有多種格式，如下圖所示

1. RAW PFM

原始的PFM矩陣示意如下

第一行和fasta格式的序列標(biāo)識(shí)符類似，>開頭，MA開頭的字符串為轉(zhuǎn)錄因子在JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù)中的編號(hào)，是唯一的，AGL3表示該轉(zhuǎn)錄因子的名稱。

接下來的4行依次表示A, C, G, T4種堿基在每個(gè)位置的頻數(shù)分布。

2. JASPAR

JASPAR格式的PFM矩陣示意如下

和原始的PFM矩陣非常類似，只不過在每行的開頭標(biāo)注了對(duì)應(yīng)的堿基，并且用[和]操作符將堿基頻數(shù)矩陣?yán)ㄆ饋怼?/p>

3. TRANSFAC

TRANSFAC格式的PFM矩陣示意如下

采用了TRANSFAC數(shù)據(jù)庫(kù)中的文件標(biāo)準(zhǔn)，AC表示motif編號(hào)，ID表示motif的名稱，PO以及下面的行為對(duì)應(yīng)的堿基分布頻數(shù)。

4. MEME

MEME格式的PFM矩陣示意如下

ALPJABEAT代表堿基的字符集，strands代表鏈的方向性，+ - 代筆在使用meme預(yù)測(cè)motif時(shí)沒有指定鏈的方向，Background代表背景中的堿基組成頻率，MOTIF和以下的行為對(duì)應(yīng)的堿基分布頻率。

不同的軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)的PFM矩陣的格式不同，在使用不同軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)需要注意。

看完了這篇文章，相信你對(duì)“motif中PFM矩陣是怎么樣的”有了一定的了解，如果想了解更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！