如何使用DREME挖掘序列中的de novo motif

本篇文章為大家展示了如何使用DREME挖掘序列中的de novo motif，內(nèi)容簡(jiǎn)明扼要并且容易理解，絕對(duì)能使你眼前一亮，通過這篇文章的詳細(xì)介紹希望你能有所收獲。

DREME也是一款常用的de novo motif分析軟件，它具有以下幾個(gè)特點(diǎn)

• 只支持核酸序列，即DNA和RNA序列的motif分析，不支持氨基酸序列

• DREME需要兩個(gè)序列集合，其中一個(gè)作為control,主要功能是挖掘相比control, 在另外一個(gè)集合中相對(duì)富集的motif

  
  

將contorl對(duì)應(yīng)的序列集合稱之為negative sequences, 將另一組稱之positive sequences,采用費(fèi)舍爾精確檢驗(yàn)分析motif在positive出現(xiàn)的次數(shù)是否比negative中出現(xiàn)的次數(shù)更多。

如果你只提供了一個(gè)序列集合，則采用堿基隨機(jī)抽樣的方式根據(jù)你提供的序列模擬出一組contorl序列，這種方式構(gòu)建的序列集合也稱之為shuffled  sequences。

在線工具的網(wǎng)址如下

http://meme-suite.org/tools/dreme

同時(shí)提供control和input序列集合就可以了，需要注意的是，兩個(gè)集合中的序列個(gè)數(shù)必須一致，序列的長(zhǎng)度在100bp左右最佳, 通常采用peak中心上下游各50bp的序列即可。

輸出結(jié)果如下所示

同時(shí)在輸入的序列和其反向互補(bǔ)鏈上查找motif, 輸出結(jié)果中RC Logo代表反向互補(bǔ)鏈上的motif。點(diǎn)擊每個(gè)More可以查看每個(gè)motif的具體信息，示意如下

給出了該motif和對(duì)應(yīng)的堿基組合在兩個(gè)序列集合中次數(shù)的個(gè)數(shù)統(tǒng)計(jì)和對(duì)應(yīng)的p值等信息，需要注意的是，這里的個(gè)數(shù)統(tǒng)計(jì)不是簡(jiǎn)單的統(tǒng)計(jì)該字符在輸入序列中出現(xiàn)的次數(shù)，而且在分析總的motif和對(duì)應(yīng)的各種堿基組合的次數(shù)時(shí)是獨(dú)立的操作，所以不是說每種堿基組合的次數(shù)疊加就是總的motif的次數(shù)。

DREME對(duì)應(yīng)的命令行版本的基本用法如下

dreme -oc out_dir -png -p input.fa

DREME適用于發(fā)現(xiàn)長(zhǎng)度在3-8bp之間的motif, 而MEME的motif長(zhǎng)度可以通過參數(shù)調(diào)整，適用范圍更大。

上述內(nèi)容就是如何使用DREME挖掘序列中的de novo motif，你們學(xué)到知識(shí)或技能了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識(shí)儲(chǔ)備，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。