Chip-seq的示例分析

今天就跟大家聊聊有關(guān)Chip-seq的示例分析，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

染色質(zhì)免疫共沉定技術(shù)，可以研究生物體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)的相互作用，首先在活細(xì)胞內(nèi)固定DNA與蛋白結(jié)合的復(fù)合體，然后用蛋白特異性的抗體，通過(guò)抗原抗體特異性結(jié)合的免疫學(xué)手段捕獲該復(fù)合體，然后洗脫蛋白質(zhì)，得到與目的蛋白結(jié)合的DNA片段，將富集到的DNA片段進(jìn)行上機(jī)測(cè)序，即形成了一套成熟的分析流程，稱之為chip-seq, 就是將傳統(tǒng)的chip技術(shù)和高通量測(cè)序結(jié)合起來(lái)，對(duì)應(yīng)的英文如下

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing

Chip-seq技術(shù)依托于測(cè)序技術(shù)的高通量和生信分析的發(fā)展，可以在全基因組范圍內(nèi)分析DNA與蛋白質(zhì)的相互作用，目前常用于研究轉(zhuǎn)錄因子，各種組蛋白修飾在基因組上的結(jié)合位點(diǎn)，和依托芯片的Chip-chip技術(shù)相比，chip-seq實(shí)驗(yàn)周期更短，更加高效，覆蓋的基因組范圍也更加廣泛。隨著測(cè)序價(jià)格的降低，chip-seq成為研究基因調(diào)控，表觀修飾的利器之一。

實(shí)驗(yàn)流程如下所示

在整個(gè)實(shí)驗(yàn)流程中，核心的地方就是根據(jù)研究對(duì)象選取特異性的抗體，抗體的特異性和敏感性越高，對(duì)應(yīng)DNA序列的富集效果越好，越容易檢測(cè)出結(jié)合的區(qū)域。

對(duì)于chip-seq的數(shù)據(jù)分析，核心是檢測(cè)富集到的DNA在基因組上的位置稱之為peak, 分析的示意圖如下

理論上來(lái)講，富集到的DNA在基因組上的測(cè)序深度會(huì)相對(duì)較高，通過(guò)分析基因組上的測(cè)序深度的分布，就可以找到這些區(qū)域。實(shí)際建庫(kù)中由于片段分布的不均一，會(huì)存在某些非特異性結(jié)合位點(diǎn)也出現(xiàn)類(lèi)似的峰型，這就是需要通過(guò)設(shè)定對(duì)照樣本，再借助成熟的生信分析軟件來(lái)找到真實(shí)的蛋白結(jié)合位點(diǎn)，查找DNA結(jié)合位點(diǎn)的步驟稱之為peak  calling。

peak calling完成之后，需要對(duì)peak進(jìn)行注釋，有兩種注釋內(nèi)容，第一種是分析peak位于哪些功能區(qū)域，比如啟動(dòng)子區(qū)，外顯子區(qū)，內(nèi)含子區(qū)等，最典型的對(duì)于轉(zhuǎn)錄因子，通常都是位于基因的啟動(dòng)子區(qū)；第二種注釋是鄰近的基因的注釋，蛋白結(jié)合到DNA上之后，主要是發(fā)揮基因表達(dá)調(diào)控的功能，這些peak區(qū)域的鄰近基因就作為其候選的調(diào)控基因。

同時(shí)還可以對(duì)這些peak區(qū)域進(jìn)行motif分析，鑒別蛋白結(jié)合的保守位點(diǎn)。

當(dāng)然也可以結(jié)合不同的實(shí)驗(yàn)條件，分析case/control組間DNA結(jié)合能力的差異，從而分析實(shí)驗(yàn)條件對(duì)蛋白結(jié)合能力的影響。

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)Chip-seq的示例分析有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。