如何使用UCSC XENA綜合性分析某一個基因在癌癥當(dāng)中的作用

如何使用UCSC XENA綜合性分析某一個基因在癌癥當(dāng)中的作用，針對這個問題，這篇文章詳細(xì)介紹了相對應(yīng)的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。

今天我們就基于UCSC XENA來簡單的設(shè)計一個簡單的課題。

之前在介紹ICGC數(shù)據(jù)庫使用的時候，我們可以通過ICGC數(shù)據(jù)庫來進行整個基因組的檢索。比如來查看某個或者某幾個腫瘤當(dāng)中突變最多的基因是哪個。但是在UCSC XENA當(dāng)中我們需要有一定的檢索目標(biāo)。我們沒有辦法去尋找變化最大的基因。我們只能在提前知道某一個基因之后。然后才能進行相關(guān)的查詢。但是UCSC XENA比ICGC好的地方在于。ICGC只能查詢突變相關(guān)的信息，而在XENA當(dāng)中，我們則可以檢索和這個基因所有相關(guān)的信息以及和臨床特征的相關(guān)性。

確定目標(biāo)基因

由于XENA只能檢索指定的基因來進行檢索，所以我們在檢測的第一步需要選擇一個目標(biāo)基因。為了方便選擇，我們使用GEPIA2來尋找COAD當(dāng)中最有差異的前10的基因來進行后續(xù)的分析

經(jīng)過這樣的篩選，我們一共獲得了五個在COAD當(dāng)中高表達的基因。這十個基因分別是：LCN15 ,NOTUM ,NPSR1,ASCL2 ,RNF43。

經(jīng)過這樣的篩選，我們知道了這幾個基因是和COAD的發(fā)生有關(guān)系的。但是對于COAD臨床參數(shù)的影響，我們不是很清楚。所以進一步的我們想要看COAD當(dāng)中這十個基因的作用有多大

UCSC XENA進一步分析

1. 選擇合適的數(shù)據(jù)集

在XENA當(dāng)中。我們要做的第一步就是選擇目標(biāo)癌種,我們可以在數(shù)據(jù)集選擇的界面輸入關(guān)鍵詞就可以獲得相關(guān)的數(shù)據(jù)集了。

2. 選擇基因相關(guān)的表達信息

由于我們要對基因表達進行分析。所以第一步就是放置基因相關(guān)的表達信息。在XENA里面，對于多基因的表達信息提取，有兩種方式：

• 一種是直接把所有基因都放進去，這樣的話就可以在一個模塊當(dāng)中獲得所有目標(biāo)基因的表達信息，
  

• 另外一種的話就是一個基因一個基因的選擇。
  

前面一種除了可視化好一些，在后面和臨床參數(shù)分析方面，也可以一次性現(xiàn)實所有的結(jié)果，而后面一種則是可以來進行預(yù)后的KM分析。

3. 預(yù)后分析

我們在做生信分析的時候，除了差異表達分析，做的第二多的可能就是預(yù)后分析了。在XENA 當(dāng)中，我們對于每一個單數(shù)據(jù)的模塊，都可以進行預(yù)后分析。如果是連續(xù)性的，XENA會自動分成兩組來進行KM分析，如果是分類變量那么就可以直接進行分析了。

PS：上面我們也說了。對于預(yù)后分析的時候，基因的表達是要單純一個模塊的。所以對于融合到一起的結(jié)果。我們是不能進行分析的

通過以上的分析，我們就可以獲得五個基因的預(yù)后分析的結(jié)果了。經(jīng)過分析，我們發(fā)現(xiàn)這五個基因和預(yù)后都沒有關(guān)系????。

4. 其他臨床病理參數(shù)分析

如果XENA只是可以做和預(yù)后相關(guān)的分析的話，那么其實很多數(shù)據(jù)庫都是可以做的(GEPIA, Cbio等等)。XENA更好的一點在于，它提供了TCGA里面所有相關(guān)的臨床病理參數(shù)的結(jié)果。我們可以做其他數(shù)據(jù)庫做不了的臨床參數(shù)的分析。比如：TNM分期這種的。

經(jīng)過一頓的數(shù)據(jù)添加，我們最終就得到了在COAD當(dāng)中含有基因表達以及TNM分期數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)集。

5. 數(shù)據(jù)的進一步分析

在得到最終想要分析的數(shù)據(jù)之后，我們發(fā)現(xiàn)由于XENA提供的沒有經(jīng)過修改的數(shù)據(jù)，所以類似臨床數(shù)據(jù)是需要經(jīng)過處理的。例如M分期當(dāng)中：就包含：M0, M1, M1a, M1b以及Mx這個不確定分期的數(shù)據(jù)變量。

這個時候，最直接的方法，就是我們點擊Download然后下載到所有的原始數(shù)據(jù)之后，然后自己來處理數(shù)據(jù)，然后進行統(tǒng)計分析。

如果說，那我自己對于數(shù)據(jù)的處理和分析不是很熟練，那這個時候就可以利用XENA自帶的篩選功能來進行分析了。

6. 數(shù)據(jù)篩選分析

這里我們利用M分期為例來進行演示XENA的篩選分析。由于操作過程教程。所以就簡單的做了一個視頻。關(guān)于XENA具體的篩選原則可以參考: https://ucsc-xena.gitbook.io/project/overview-of-features/filter-and-subgrouping

最終通過分析，我們得到了NOTUM在M分期當(dāng)中存在差異表達。

關(guān)于如何使用UCSC XENA綜合性分析某一個基因在癌癥當(dāng)中的作用問題的解答就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道了解更多相關(guān)知識。