circNet數(shù)據(jù)庫有什么用

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circNet是一個環(huán)狀RNA的數(shù)據(jù)庫，不僅收錄了cirRNA的基本信息，還提供了環(huán)狀RNA在不同組織中的表達(dá)譜數(shù)據(jù)以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，網(wǎng)址如下

http://syslab5.nchu.edu.tw/CircNet/

數(shù)據(jù)庫構(gòu)建的流程如下所示

從SRA數(shù)據(jù)庫中收集了來自26個不同組織，共464個樣本的RNA_seq數(shù)據(jù)，利用find_circ軟件預(yù)測其中的環(huán)狀RNA,共預(yù)測到212950個環(huán)狀RNA,和circBase數(shù)據(jù)庫相比，其中有53687個是新的環(huán)狀RNA。為了降低假陽性，選取junction reads大于3的環(huán)狀RNA作為高可信度的環(huán)狀RNA,最終得到34000個環(huán)狀RNA。

軟件預(yù)測環(huán)狀RNA只會給出連接點(diǎn)在基因組上的位置，意味著我們只能確定環(huán)狀RNA的頭尾，無法直接確定中間的序列信息，為此，該數(shù)據(jù)庫根據(jù)下圖所示策略去注釋環(huán)狀RNA的序列信息

圖A表示對于頭尾都對應(yīng)exon的環(huán)狀RNA,在注釋序列時，將所有eoxn的組合情況都列出，作為circRNA的多個isoform;圖B表示對于剪切位點(diǎn)在內(nèi)含子上的環(huán)狀RNA,注釋其序列時將exon兩側(cè)的intron序列也包含進(jìn)去；圖C表示環(huán)狀RNA頭尾位于已知基因的反義鏈時，直接根據(jù)頭尾的染色體位置截取序列最終該環(huán)狀RNA的序列；圖D表示對于頭尾在基因間區(qū)的環(huán)狀RNA,和圖C同樣的做法，直接根據(jù)頭尾的染色體位置截取序列最終該環(huán)狀RNA的序列。

根據(jù)環(huán)狀RNA的序列,通過targetScan軟件預(yù)測與miRNA的相互作用，然后再結(jié)合miRTarBase和miRBase數(shù)據(jù)庫中的miRNA與基因的調(diào)控關(guān)系，構(gòu)建了circRNA-miRNA-gene的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

在官網(wǎng)首頁可以以基因為單位檢索對應(yīng)的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，以ZEB1為例，示意如下

圖例如下所示

紫色節(jié)點(diǎn)代表環(huán)狀RNA,黃色節(jié)點(diǎn)代表miRNA,藍(lán)色節(jié)點(diǎn)代表gene;紅色連線用于連接miRNA和靶標(biāo)基因，綠色連線用于連接gene和環(huán)狀RNA, 藍(lán)色連線用于連接circRNA和miRNA。

在右側(cè)面板會顯示在不同組織中的表達(dá)量，環(huán)狀RNA與miRNA的相互作用網(wǎng)絡(luò)等信息。