TSCD數(shù)據(jù)庫有什么用

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TSCD是Tissue-Specific CircRNA Database的簡寫,通過軟件預(yù)測人和小鼠不同組織中的環(huán)狀RNA,然后去尋找組織特異性的環(huán)狀RNA。該數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下

http://gb.whu.edu.cn/TSCD/

從ENCODE和GEO這兩個公共數(shù)據(jù)庫中收集人和小鼠不同組織的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，然后利用以下3款軟件識別其中的環(huán)狀RNA

1. find_circ

2. CIRI

3. circRNA_finder

   
   

選取三款軟件的并集作為最終的結(jié)果,為例降低假陽性率，只保留junction reads個數(shù)大于2的環(huán)狀RNA。采用上述策略檢測到所有組織中的環(huán)狀RNA之后，接下來就可以識別組織特異性的環(huán)狀RNA。

該數(shù)據(jù)庫中,將只在某一個組織中表達的環(huán)狀RNA定義為組織特異性的環(huán)狀RNA, 簡稱TS circRNA,示意如下

識別到TS circRNA之后，后續(xù)還進行了以下3種分析

• 篩選表達量高的TS circRNA, 對其來源基因進行GO富集分析

• 預(yù)測miRNA結(jié)合位點，從環(huán)狀RNA頭尾各取50bp序列，用targetscan來預(yù)測這100bp序列上的miRNA結(jié)合位點

• 預(yù)測蛋白結(jié)合位點，從starbase數(shù)據(jù)庫下載CLIP-Seq的數(shù)據(jù)，同樣分析頭尾個50bp區(qū)域上的蛋白結(jié)合位點

將以上所有的結(jié)果整合起來，就構(gòu)建成了TSCD數(shù)據(jù)庫，整個數(shù)據(jù)庫構(gòu)建的流程示意如下

官網(wǎng)提供了不同基因組版本供我們查閱，示意如下

點擊Gene Symbol,可以查看該環(huán)狀RNA在不同組織中的表達量，示意如下

點擊MRE可以查看環(huán)狀RNA可以結(jié)合的miRNA,示意如下

點擊RBP可以查看環(huán)狀RNA可以結(jié)合的蛋白,示意如下

該數(shù)據(jù)庫不僅提供了一個環(huán)狀RNA的集合，還提供了MRE,RBP等對應(yīng)的功能注釋信息。

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