NONCODE數(shù)據(jù)庫有什么用

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NONCODE數(shù)據(jù)庫是一個綜合的非編碼RNA數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫中包含了除tRNA和rRNA之外的其他類型的非編碼RNA信息，其中絕大部分是lncRNA,網(wǎng)址如下

http://www.noncode.org/index.php

目前最新版本為v5, 共包含了17個物種的非編碼RNA, 物種和對應(yīng)的lncRNA數(shù)量匯總?cè)缦?/p>

該數(shù)據(jù)庫通過兩個途徑收集和整理非編碼RNA信息，第一種是通過pubmed進(jìn)行文獻(xiàn)檢索，以ncrna, non-coding等關(guān)鍵詞檢索，然后從文章中提取非編碼RNA;第二種是通過已有的數(shù)據(jù)庫，比如RefSeq, GENCODE, lncRNAdb等。

將收集到的所有非編碼RNA以gtf和bed格式進(jìn)行記錄，通過compare合并相同轉(zhuǎn)錄本，去冗余，對去冗余只有的轉(zhuǎn)錄本和基因賦予NONCODE的ID; 然后利用CNCI預(yù)測其蛋白編碼潛能，只保留CNCI預(yù)測結(jié)果為non-coding的轉(zhuǎn)錄本。

以上可以得到非編碼RNA的基本信息，除此之外，還提供了在不同組織或者細(xì)胞系中的表達(dá)譜，功能預(yù)測，在不同物種間的保守性， 相關(guān)疾病等注釋信息，人類的非編碼RNA表達(dá)譜從Human BodyMap2.0 項(xiàng)目和GSE30554兩個項(xiàng)目中得到；小鼠的表達(dá)譜數(shù)據(jù)從ERP000591得到，lncRNA的功能預(yù)測結(jié)果通過lnc-GFP這個軟件預(yù)測得到。

通過Browse DB, 可以查看數(shù)據(jù)庫中每個非編碼RNA的信息，示意如下

NONCODE數(shù)據(jù)庫的轉(zhuǎn)錄本ID以NON開頭，后面三個字母代表物種，比如human對應(yīng)HSA, 接下來的T代表轉(zhuǎn)錄本，后面的數(shù)字編號用于區(qū)分不同轉(zhuǎn)錄本; 對于每個轉(zhuǎn)錄本，給出了染色體位置，外顯子個數(shù)，長度，CNCI score等信息。

點(diǎn)擊每個轉(zhuǎn)錄本ID, 可以查看詳細(xì)信息，除了序列等基本信息外，還包括以下兩種信息

1. 表達(dá)譜

2. 二級結(jié)構(gòu)

通過Function菜單，可以檢索得到lncRNA對應(yīng)的Go注釋， 結(jié)果示意如下

lncRNA對應(yīng)的GO注釋是通過ncFANS這個在線網(wǎng)站得到的。

通過Disease菜單，可以檢索到得到lncRNA相關(guān)的疾病和突變信息，示意如下

官網(wǎng)還提供了iLncRNA工具，用于預(yù)測lncRNA, 示意如下

只需要上傳轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的GTF文件或者BED文件就可以了。

對于所有物種的lncRNA, 提供了fasta和bed兩種格式供下載，對于常見的human, mouse, rat, 還提供了gtf格式的文件。

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