人和小鼠中的超級增強子數(shù)據(jù)庫dbSUPER該怎么理解

這期內(nèi)容當中小編將會給大家?guī)碛嘘P人和小鼠中的超級增強子數(shù)據(jù)庫dbSUPER該怎么理解，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

dbSUPER是超級增強子數(shù)據(jù)庫的開山之作，文章發(fā)表在Nucleic Acids Research上，鏈接如下

https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D164/2502575

該數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://asntech.org/dbsuper/

收錄了人和小鼠中的超級增強子信息，采用了兩種策略來定義增強子

1. 從pubMed中收集已發(fā)表的，有文獻支持的超級增強子

2. 利用從ENCODE, GEO等公共數(shù)據(jù)庫中下載的H3K27ac chip_seq數(shù)據(jù)，采用MACS識別peak區(qū)域，將p小于10的負9次方的peak作為增強子區(qū)，然后采用ROSE這款軟件來識別超級增強子區(qū)

   
   

對于human而言，基于hg19版本進行分析，共收錄了來自102種不同細胞/組織共69205個超級增強子;對于mouse而言,基于mm9版本進行分析，共收錄了來自25種不同細胞/組織共13029個超級增強子信息，圖示如下

將超級增強子上下游50kb范圍內(nèi)存在的基因作為對應的靶基因，基于這種簡單的策略來預測超級增強子的靶基因。整個數(shù)據(jù)庫構建的pipeline示意如下

通過Browser菜單，可以瀏覽超級增強子數(shù)據(jù)，示意如下

點擊超級增強子的ID,可以查看下列詳細信息

1. 基本信息

2.  關聯(lián)基因

3. 軟件參數(shù)

4. 序列下載

5. 包含的增強子

除了基本的檢索和瀏覽功能，該數(shù)據(jù)庫還支持將超級增強子信息傳遞給其他在線工具，方便下游分析，示意如下

可以通過UCSC基因組瀏覽器查看超級增強子區(qū)的reads分布情況，也可以發(fā)送給Cistrom, GREAT進行下游分析。

該數(shù)據(jù)庫只是提供了超級增強子區(qū)域的染色體位置等基本信息，缺乏對超級增強子區(qū)域內(nèi)的其他基功能元件的注釋。

上述就是小編為大家分享的人和小鼠中的超級增強子數(shù)據(jù)庫dbSUPER該怎么理解了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注億速云行業(yè)資訊頻道。