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linux怎么處理fasta和fastq序列

發(fā)布時(shí)間：2022-01-20 15:08:54 來(lái)源：億速云 閱讀：469 作者：iii 欄目：開(kāi)發(fā)技術(shù)

這篇文章主要介紹“l(fā)inux怎么處理fasta和fastq序列”的相關(guān)知識(shí)，小編通過(guò)實(shí)際案例向大家展示操作過(guò)程，操作方法簡(jiǎn)單快捷，實(shí)用性強(qiáng)，希望這篇“l(fā)inux怎么處理fasta和fastq序列”文章能幫助大家解決問(wèn)題。

（1）從一個(gè)文件a提取第10至20個(gè)序列存到另一個(gè)文件b：

awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta

（2）將某一文件a中每一條序列保存到一個(gè)文件中：

awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta

（3）fastq轉(zhuǎn)換成fasta序列

zcat input_file.fastq.gz | awk 'NR%4==1{printf ">%s\n", substr($0,2)}NR%4==2{print}' > output_file.fa

（4）fastq統(tǒng)計(jì)條數(shù)

zcat reads.fq.gz | echo $((`wc -l`/4))

（5）fasta序列的數(shù)量

grep -c "^>" reads.fa

（6）某個(gè)短序列出現(xiàn)次數(shù)

> zgrep -c 'ATGATGATG' reads.fq.gz
    398065    
> zcat reads.fq.gz | awk '/ATGATGATG/ {nlines = nlines + 1} END {print nlines}'
    398065

關(guān)于“l(fā)inux怎么處理fasta和fastq序列”的內(nèi)容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業(yè)相關(guān)的知識(shí)，可以關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，小編每天都會(huì)為大家更新不同的知識(shí)點(diǎn)。

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