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bioperl如何直接讀取輸出gz壓縮格式的fasta序列

發(fā)布時(shí)間：2022-02-24 11:46:16 來源：億速云 閱讀：151 作者：小新 欄目：開發(fā)技術(shù)

小編給大家分享一下bioperl如何直接讀取輸出gz壓縮格式的fasta序列，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

bioperl 直接讀取輸出gz壓縮格式的fasta序列，代碼示例：

die "perl $0 <id><fa><OUT>" unless(@ARGV==3);

use Math::BigFloat;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Data::Dumper;
use PerlIO::gzip;
open $FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";
open $FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";

$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => $FI ,
                               -format => 'Fasta');
$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $FO ,
                               -format => 'Fasta');

另一種寫法也是可以的：

use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Data::Dumper;
use PerlIO::gzip;
open FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";
open FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";


$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FI ,
                               -format => 'Fasta');
$out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FO ,
                               -format => 'Fasta');

以上是“bioperl如何直接讀取輸出gz壓縮格式的fasta序列”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！

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