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這篇文章主要介紹了怎么過濾fasta文件的相關(guān)知識，內(nèi)容詳細(xì)易懂，操作簡單快捷，具有一定借鑒價(jià)值，相信大家閱讀完這篇怎么過濾fasta文件文章都會有所收獲，下面我們一起來看看吧。
fasta文件有其固定的格式，如果某些序列格式錯誤或者出現(xiàn)一些不該出現(xiàn)的字符（例如亂碼），就需要過濾掉這些序列。過濾方法比較簡單，一個腳本就可以完成，避免重復(fù)的手動刪除。
腳本運(yùn)行命令：
perl fasta.filter.pl -in in.fasta -o out.fasta
其中 ：
fasta.filter.pl：腳本名稱；
-in：輸入選項(xiàng)，后跟輸入文件名稱；
-o：輸出選項(xiàng)，后跟輸出文件名稱。
腳本如下：
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Getopt::Long;
my %opts;
GetOptions(\%opts,"in=s","o=s","h");
my$in = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{in}" ,
-format => 'Fasta');
my$out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$opts{o}" ,
-format => 'Fasta');
while(my $seq = $in->next_seq()){
my ($id,$seqence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);
next if($seqence eq "");
next if($seqence =~ [^ATCGNatcgn]);
$out->write_seq($seq);
$out->close();
}
$in->close();
$out->close();關(guān)于“怎么過濾fasta文件”這篇文章的內(nèi)容就介紹到這里，感謝各位的閱讀！相信大家對“怎么過濾fasta文件”知識都有一定的了解，大家如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。
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