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這篇文章主要介紹了Pacbio中Cogent如何安裝，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
具體的步驟如下：
1. 安裝Anaconda， 這個可以參考我們前面安裝Iso-seq3的文檔
2. 按Cogent 的依賴包
conda install -n anaCogent5.2 biopython conda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-python conda install -c http://conda.anaconda.org/timcera pulp
3. 安裝Cogent, 目前的版本是v3.5,
cd <your_dir> git clone https://github.com/Magdoll/Cogent.git cd Cogent # 目前最新版本是v3.5 git checkout tags/v3.5 git submodule update --init --recursive cd Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src make export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:<your_dir>/Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:<your_dir>/Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src cd ../../ python setup.py build python setup.py install
4. 驗證Cogent安裝是否成功
run_mash.py --version
如果說執(zhí)行該條命令，能夠輸出Cogent的版本信息，那么安裝就是成功的
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“Pacbio中Cogent如何安裝”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識等著你來學(xué)習(xí)!
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