perl如何提取GFF中所有轉(zhuǎn)錄本的位置信息

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提取基因組注釋文件GFF中所有基因轉(zhuǎn)錄本的位置信息，以及轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的基因的ID：

perl代碼如下：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Cwd qw(abs_path getcwd);
use Getopt::Long;
use Data::Dumper;

die "perl $0 <gff> <outfile>" unless(@ARGV==2);


my$gff=$ARGV[0];
my%gene=();
my%gene_region=();
my%mRNA2Gene=();
open IN,"$gff" or die "$!";
open OUT ,">$ARGV[1]" or die "$!";
print OUT "#mRNA_ID\tgene_ID\tchr\tstart\tend\tstrand\n";
while(<IN>){
chomp;
next if (/^#/);
my@tmp=split(/\t/);


if($tmp[2] =~/^gene/){
my($id)=($tmp[8]=~/ID=([^;]+)/);
$gene{$id}=1;
$gene_region{$id}=[$tmp[0],$tmp[3],$tmp[4],$tmp[6]];


#print "gene:$id\n";
#my$gene_chr->{$id}=$tmp[0];
}
if($tmp[2] =~/mRNA|transcript/i){
my($id)=($tmp[8]=~/ID=([^;]+)/);
my($pid)=($tmp[8]=~/Parent=([^;]+)/);


if(exists $gene{$pid}){
print OUT "$id\t$pid\t$tmp[0]\t$tmp[3]\t$tmp[4]\t$tmp[6]\n";
}
#print "mRNA:$id\n";
}
}
close(IN);
close(OUT);

到此，相信大家對“perl如何提取GFF中所有轉(zhuǎn)錄本的位置信息”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！