MCscan如何做基因組共線性分析

這篇文章主要介紹MCscan如何做基因組共線性分析，文中介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

多基因組基因水平共線性分析

在 多基因間共線性及局部基因水平的共線性  和  基因組間共線性分析  里講了MCscan如何做基因組共線性分析，這里再說說多基因組基因水平的共線性分析。

方法是兩兩基因組做共線性分析。還是以桃子，葡萄和可可為例，方法如下:

$ python -m jcvi.compara.synteny mcscan grape.bed grape.peach.lifted.anchors --iter=1 -o grape.peach.i1.blocks
$ python -m jcvi.compara.synteny mcscan grape.bed grape.cacao.lifted.anchors --iter=1 -o grape.cacao.i1.blocks
$ python -m jcvi.formats.base join grape.peach.i1.blocks grape.cacao.i1.blocks --noheader | cut -f1,2,4,6 > grape.blocks

篩選關(guān)注的區(qū)域進行展示，這里展示前50列：

$ head -50 grape.blocks > blocks2

blocks2文件格式如下：

GSVIVT01012261001	.	.
GSVIVT01012259001	ppa005716m	.
GSVIVT01012258001	.	.
GSVIVT01012257001	ppa002846m	.
GSVIVT01012255001	ppa000919m	Thecc1EG011472t1
GSVIVT01012253001	ppa010733m	Thecc1EG011473t1
GSVIVT01012252001	ppa015194m	Thecc1EG011474t1

配置文件如下：

# x,   y, rotation,     ha,     va, color, ratio,            label
0.5, 0.6,        0, center,    top,      ,     1,       grape Chr1
0.3, 0.4,        0, center, bottom,      ,    .5, peach scaffold_1
0.7, 0.4,        0, center, bottom,      ,    .5, cacao scaffold_2
# edges
e, 0, 1
e, 0, 2

運行畫圖：

$ cat grape.bed peach.bed cacao.bed > grape_peach_cacao.bed 
$ python -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_peach_cacao.bed blocks2.layout

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