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這篇文章主要介紹bedtools如何求交集,文中介紹的非常詳細(xì),具有一定的參考價(jià)值,感興趣的小伙伴們一定要看完!
bedtools求交集 其用法: bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 輸入文件是bed格式,至少三列,分別...
Bedtools是處理基因組信息分析的強(qiáng)大工具集合,其中 intersect 函數(shù)可以求區(qū)域之間的交集。
其用法:
bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED
輸入文件是bed格式,至少三列,分別是染色體,起始位置(0-based, 包括),終止位置 (1-based,不包括)。第四列一般為區(qū)域名字,
案例一:包含著染色體位置的兩個(gè)文件,分別記為A文件和B文件。分別來自于不同文件的染色體位置的交集是什么?
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed
chr1 15 20
案例二:包含著染色體位置的兩個(gè)文件,分別記為A文件和B文件。求A文件中哪些染色體位置是與文件B中的染色體位置有overlap.
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wa
chr1 10 20
案例三: 包含著染色體位置的兩個(gè)文件,分別記為A文件和B文件。求對于A文件的染色體位置是否與文件B中的染色體位置有交集。如果有交集,分別輸入A文件的染色體位置和B文件的染色體位置;如果沒有交集,輸出A文件的染色體位置并以'. -1 -1'補(bǔ)齊文件。
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -loj
chr1 10 20 chr1 15 25
chr1 30 40 . -1 -1
案例四: 包含著染色體位置的兩個(gè)文件,分別記為A文件和B文件。對于A文件中染色體位置,如果和B文件中染色體位置有overlap,則輸出在A文件中染色體位置和在B文件中染色體位置,以及overlap的長度.
$ cat A.bed chr1 10 20 chr1 30 40
$ cat B.bed chr1 15 20 chr1 18 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wo
chr1 10 20 chr1 15 20 5
chr1 10 20 chr1 18 25 2
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