如何理解基因組組裝軟件spades

這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會給大家?guī)碛嘘P(guān)如何理解基因組組裝軟件spades，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

spades這款de novo基因組組裝軟件， 適用于細(xì)菌/真菌等小型基因組的組裝，不推薦用于動植物基因組的組裝。該軟件主要用于illumina，IonTorrent reads的組裝，也可以進(jìn)行PacBio, Oxford nanopore, Sanger reads的組裝。

官網(wǎng)如下

http://cab.spbu.ru/software/spades/

spades是一套軟件，類似office辦公軟件系列，包含了以下5個可執(zhí)行文件

1. metaSPAdes

2. plasmidSPAdes

3. rnaSPAdes

4. truSPAdes

5. disSPAdes

   
   

metaSPAdes用于宏基因組數(shù)據(jù)的組裝，plasmidSPAdes用于組裝葉綠體/線粒體基因組，rnaSPAdes用于RNA-seq數(shù)據(jù)的組裝，truSPAdes用于treseq barcode序列的組裝，disSPAdes用于組裝高雜合度的二倍體基因組。

軟件的安裝過程如下

wget http://cab.spbu.ru/files/release3.12.0/SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz
tar xzvf SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz
cd SPAdes-3.12.0-Linux

直接從官網(wǎng)下載二進(jìn)制包，解壓縮就可以了。在bin目錄下，有很多的可執(zhí)行文件

./
├── dipspades.py
├── metaspades.py -> spades.py
├── plasmidspades.py -> spades.py
├── rnaspades.py -> spades.py
├── spades-bwa
├── spades-core
├── spades-corrector-core
├── spades-dipspades-core
├── spades-gbuilder
├── spades-gmapper
├── spades-hammer
├── spades_init.py
├── spades_init.pyc
├── spades-ionhammer
├── spades-kmercount
├── spades.py
├── spades-truseq-scfcorrection
└── truspades.py

其中spades.py 就是主要的提交腳本，該軟件支持多種測序類型

1. 單端數(shù)據(jù)
   用--s1參數(shù)指定單獨測序的序列文件，如果有多個文庫，用數(shù)字后綴加以區(qū)分，比如--s1,--s2

2. 雙端數(shù)據(jù)
   用--pe1-1和--pe1-2分別指定雙端測序的R1端和R2端序列文件，多個文庫用數(shù)字后綴區(qū)分，比如--pe2-1, --pe2-2

基本用法如下：

spades.py -k 21,33,55,77,99,127 --careful  --pe1-1 R1.fastq  --pe-2 R2.fastq  -o spades_output

輸出結(jié)果目錄會生成許多文件，其中scaffolds.fasta對應(yīng)scaffold的結(jié)果，contig.fasta對應(yīng)contig組裝的結(jié)果。

上述就是小編為大家分享的如何理解基因組組裝軟件spades了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。