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這篇文章主要講解了“Leucaena trichandra線粒體基因組舉例分析”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“Leucaena trichandra線粒體基因組舉例分析”吧！
將路徑改和數據替換為自己的以后運行腳本，遇到報錯
[Pomgroup@localhost Pome_Mito_practice]$ bash Iternative_assembly_Pome_Mito.sh
Iternative_assembly_Pome_Mito.sh: line 2: $'\r': command not found
Iternative_assembly_Pome_Mito.sh: line 4: syntax error near unexpected token `$'\r''
'ternative_assembly_Pome_Mito.sh: line 4: `
sed -i 's/\r$//' Iternative_assembly_Pome_Mito.sh
blasr nanopore.fastq reference.fasta --nproc 16 > blasr.out
awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out
第8列減去第7列賦值給a并且將a添加到文件的最后一列
awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out | sort -n -r -k14,14
按照第14列倒敘排列
awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out | sort -n -r -k14,14 | awk '$14>500'
第14列大于500的行
awk '{a=$8-$7;print $0,a;}' blastr.out | sort -n -r -k14,14 | awk '$14>500' | cut -d ' ' -f1,1
以空格作為分隔符分割然后提取第一列 這樣就得到了比對長度大于500的fastq的reads的id
grep -F -x -v -f
這行命令是干什么的還不知道
seqtk subseq nanopore.fasta ids.txt > aligned.fastq
canu -p hehuan -d hehuan-oxford genomeSize=2000k -nanopore-raw aligned.fastq感謝各位的閱讀，以上就是“Leucaena trichandra線粒體基因組舉例分析”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對Leucaena trichandra線粒體基因組舉例分析這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！
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