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利用limma 包進行芯片數(shù)據(jù)差異分析，需要按照分組信息構(gòu)建分組矩陣，基于model.matrix函數(shù)完成，獲得的分組矩陣結(jié)構(gòu)類似下方顯示結(jié)果：
> design A B GSM1626001 1 0 GSM1626002 1 0 GSM1626003 1 0 GSM1626010 0 1 GSM1626011 0 1 GSM1626012 0 1 attr(,"assign") [1] 1 1 attr(,"contrasts") attr(,"contrasts")$`description` [1] "contr.treatment"
其0 1表示有無，可以理解為A組存在GSM1626001 GSM1626002 GSM1626003 三個樣品，B組理解依然，整個矩陣描述了將要比較的兩組樣品情況，之后利用makeContrasts構(gòu)建差異對比矩陣 以便繼續(xù)進行后續(xù)分析
Contrasts Levels B - A A -1 B 1
表示開始進行B相對于A組的差異表達(dá)分析
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