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怎么從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中下載指定類型樣本的數(shù)據(jù)

發(fā)布時(shí)間：2022-03-19 14:28:44 來(lái)源：億速云 閱讀：234 作者：iii 欄目：開發(fā)技術(shù)

今天小編給大家分享一下怎么從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中下載指定類型樣本的數(shù)據(jù)的相關(guān)知識(shí)點(diǎn)，內(nèi)容詳細(xì)，邏輯清晰，相信大部分人都還太了解這方面的知識(shí)，所以分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲，下面我們一起來(lái)了解一下吧。

其實(shí)可以用TCGAbiolinks 軟件包中的GDCquery 函數(shù)，指定sample.type 去篩選樣本。

比如：需要下載實(shí)體瘤組織的樣本，那么指定sample.type 為 “Primary solid Tumor”即可：

query <- GDCquery(project = "TCGA-LGG", 
                      legacy = TRUE,
                      data.category = "Gene expression",
                      data.type = "Gene expression quantification",
                      platform = "Illumina HiSeq", 
                      file.type = "results",
                      experimental.strategy = "RNA-Seq",                      sample.type = "Primary solid Tumor")

以上就是“怎么從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中下載指定類型樣本的數(shù)據(jù)”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家閱讀完這篇文章都有很大的收獲，小編每天都會(huì)為大家更新不同的知識(shí)，如果還想學(xué)習(xí)更多的知識(shí)，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。

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