如何用clusterProfiler中的enricher進(jìn)行富集分析

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1.問(wèn)題

做基因的GO或者kegg富集分析，需要基因組當(dāng)中所有基因的GO與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋信息，對(duì)于做模式物種的人來(lái)說(shuō)很簡(jiǎn)單，有現(xiàn)成的注釋結(jié)果，直接使用就可以，比如人里面可以直接用clusterProfiler進(jìn)行基因集的富集分析；但是，對(duì)于非模式動(dòng)物與植物的研究對(duì)象往往沒(méi)有現(xiàn)成的注釋結(jié)果，就沒(méi)法直接進(jìn)行富集分析；

因此學(xué)會(huì)基因功能批量注釋非常重要；這里介紹一種方法可以針對(duì)所有的非模式物種進(jìn)行GO和KEGG富集分析；

2.基因批量注釋

使用eggNOG對(duì)基因組進(jìn)行注釋?zhuān)脒M(jìn)行富集分析，首先要有背景數(shù)據(jù)集的GO注釋和KEGG注釋?zhuān)@里選用eggNOG進(jìn)行注釋。

是在線服務(wù)器，點(diǎn)點(diǎn)鼠標(biāo)上傳就能注釋?zhuān)瑹o(wú)需復(fù)雜配置。eggNOG雖然是web server，但一次最多可以注釋10萬(wàn)條序列，應(yīng)該是完全可以滿足需求的。將自己的基因?qū)?yīng)的cds序列或者蛋白序列提交到該網(wǎng)站即可注釋。

3.GO富集分析需要準(zhǔn)備的文件：

研究物種基因組中所有基因?qū)?yīng)的GO文件：

go2gene.tsv  :  通過(guò)eggNOG注釋結(jié)果文件整理得到

go2name.tsv：GO term對(duì)應(yīng)的功能描述文件

首先需要去GO下載GO的obo文件,這里我使用go-basic.obo然后我寫(xiě)了個(gè)腳本可以把obo文件解析為如下格式：

4. KEGG富集分析需要的文件

ko2gene.tsv : 通過(guò)eggNOG注釋結(jié)果文件整理得到

ko2name.tsv   ko通路對(duì)應(yīng)的名稱(chēng)

5.富集分析

利用clusterProfiler中的enricher這個(gè)通用函數(shù)進(jìn)行富集分析：

library(clusterProfiler)
ko2name <- read.delim('ko2name.tsv', stringsAsFactors=FALSE)
ko2gene <- read.delim('ko2gene.tsv', stringsAsFactors=FALSE)
go2name <- read.delim('gog2name.tsv', stringsAsFactors=FALSE)
go2gene <-read.delim('go2gene.tsv', stringsAsFactors=FALSE)
# 前面獲取gene list的過(guò)程略
gene_list<- read.delim('gene.tsv', stringsAsFactors=FALSE)
# GO富集
## 拆分成BP，MF，CC三個(gè)數(shù)據(jù)框
go2gene = split(go2gene , with(go2gene , CLASS))
## 以MF為例
enricher（gene_list,TERM2GENE=go2gene [['molecular_function']][c(1,2)],TERM2NAME=go2name ）
# KEGG富集
enricher（gene_list,TERM2GENE=ko2name ,TERM2NAME=ko2gene )

讀到這里，這篇“如何用clusterProfiler中的enricher進(jìn)行富集分析”文章已經(jīng)介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識(shí)點(diǎn)還需要大家自己動(dòng)手實(shí)踐使用過(guò)才能領(lǐng)會(huì)，如果想了解更多相關(guān)內(nèi)容的文章，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。