如何使用基因富集分析在線工具metascape

如何使用基因富集分析在線工具metascape，相信很多沒有經(jīng)驗(yàn)的人對此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個(gè)問題。

metascape是一個(gè)web工具，提供了基因富集分析，蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析等多種功能，對應(yīng)的文章發(fā)表在nature。communications上， 

該網(wǎng)站集成了40多個(gè)基因功能注釋數(shù)據(jù)庫，并且提供了多樣化的可視化方式，對于生物學(xué)家而言，通過該網(wǎng)站可以輕松的對基因功能進(jìn)行探索和分析，目前已有451篇文章引用了該工具，其可視化方式如下所示

1. circos plot

2. Enrichment Bar Graph

3. Enrichment Heatmap

4. Enrichment Network

5. Protein Complex Network

6. Membership Pie Chart

集成的功能注釋數(shù)據(jù)庫如下所示

如上圖所示，利用這些功能注釋的數(shù)據(jù)庫，主要進(jìn)行以下幾種分析

1. ID  Conversion

2. Gene Annotation

3. Enrichment Analysis

4. Interaction Network Analysis

   
   

對于單個(gè)基因列表，默認(rèn)進(jìn)行富集分析和PP分析，如下所示，輸入基因列表，選定物種, 然后點(diǎn)擊Express Analysis即可

結(jié)果包含以下兩種

1. 富集分析的柱狀圖

默認(rèn)使用GO, KEGG, Reactome, CORUM等多個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行富集分析，結(jié)果如下所示

用柱狀圖的形式展示top15個(gè)顯著富集的terms, 示意如下

用網(wǎng)絡(luò)圖的形式展示富集到的terms之間的關(guān)系，示意如下

2. PPI分析

提供了蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)圖，并采用MCODE算法對PPI網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行聚類，識別其中的subnetwork,即潛在的蛋白復(fù)合體，結(jié)果示意如下

如果同時(shí)輸入多個(gè)基因，還額外提供下兩種可視化方式，第一種是多個(gè)富集結(jié)果的展示，用熱圖的形式進(jìn)行展示，示意如下

第二種是輸入的多個(gè)基因集之間的overlap分析，結(jié)果用circos圖來展示，兩個(gè)區(qū)域之間的lnks連線代表了對應(yīng)的overlap，結(jié)果示意如下

metascape集成的數(shù)據(jù)庫最多，而且更新的也非常及時(shí)。通過自定義分析，可以實(shí)現(xiàn)多個(gè)數(shù)據(jù)庫的功能分析。該數(shù)據(jù)庫目前支持人，小鼠，大鼠等10個(gè)物種的基因分析，是一個(gè)非常強(qiáng)大的基因功能分析工具。

看完上述內(nèi)容，你們掌握如何使用基因富集分析在線工具metascape的方法了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！