R語言中如何進(jìn)行GO注釋和富集分析

GO注釋和富集分析使用TBtools完成

小編使用的數(shù)據(jù)是甜櫻桃葉綠體蛋白編碼基因做GO注釋，然后挑部分基因做富集分析，挑選的基因是

rpoC1
rpoB
rpoA
rpoC2
atpI
atpF
atpE
atpH
atpB
atpA
accD
rbcL
rpl22
rpl23
rpl20
rps8
rps7
rps16
rps15
rps14
rps18

做完富集分析得到文件GOenrichmentOutput.txt..GO.Enrichment.final.xls
根據(jù)GOplot包的示例數(shù)據(jù)挑選出其中的5列

Class GO_Name GO_ID GenesOfSelectedSetInGOterm corrected p-value(BH method)

作為數(shù)據(jù)集1
數(shù)據(jù)集2包括

ID,logFC,AveExpr,t,P.Value,adj.P.Val,B

數(shù)據(jù)集2的列變量應(yīng)該都是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的結(jié)果
比如logFC應(yīng)該是倍數(shù)變化Fold change 然后取log
AveExpr應(yīng)該是平均表達(dá)量等
然后模仿幫助文檔的例子構(gòu)造數(shù)據(jù)集

help(package="GOplot")
library(GOplot)
data(EC)
file1<-file.choose()
file2<-file.choose()
df1<-read.table(file1,sep="\t",header=T)
df2<-read.csv(file2,header=T)
colnames(df1)<-colnames(EC$david)
df<-circle_dat(df1,df2)
dim(df)
df

• 氣泡圖

GOBubble(df)

 

• 加一些參數(shù)的氣泡圖

GOBubble(df,table.legend = F,table.col = T,ID=T,
         display = "multiple")+
  scale_x_continuous(limits=c(0,5))+
  scale_y_continuous(limits = c(0,10))

 

• 弦圖

pdf("chordpra.pdf",height=15,width = 15)
chord<-chord_dat(df,sample(df$genes,6),sample(df$term,8))
GOChord(chord)
dev.off()

   

現(xiàn)在基本可以根據(jù)自己的數(shù)據(jù)來構(gòu)造GOplot的輸入文件