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OncoKB數(shù)據(jù)庫有什么用

發(fā)布時間：2022-01-15 15:54:02 來源：億速云 閱讀：788 作者：小新 欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章主要介紹了OncoKB數(shù)據(jù)庫有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

OncoKB收集了腫瘤發(fā)生發(fā)展相關(guān)的，具有臨床意義的基因組變異信息，對于每個變異，提供了其對應(yīng)的生物學(xué)效應(yīng)，藥物互作，預(yù)后和治療意義等詳細(xì)信息。

數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://oncokb.org/

該數(shù)據(jù)庫以基因?yàn)橹行模峁┝嗣總€基因上的變異，相關(guān)腫瘤類型，實(shí)驗(yàn)證據(jù)等信息，示意如下

OncoKB數(shù)據(jù)庫有什么用

根據(jù)實(shí)驗(yàn)證據(jù)的來源和可信度，劃分為下圖所示的不同等級

OncoKB數(shù)據(jù)庫有什么用
其中l(wèi)evel1和level 2A是具有臨床意義的基因組變異，通過Actionable Genes菜單，可以查詢基因組變異與藥物的互作信息，示意如下

OncoKB數(shù)據(jù)庫有什么用

點(diǎn)擊每個基因ID, 可以查看該基因上所有的基因組變異，分為兩類

  1. Clinically Relevant Alterations

  2. All Annotated Alterations


以ABL1為例，示意如下

OncoKB數(shù)據(jù)庫有什么用

通過Cacner Genes菜單，可以查詢腫瘤原癌基因和抑癌基因的列表，示意如下

OncoKB數(shù)據(jù)庫有什么用

除了查詢功能外，該數(shù)據(jù)庫還提供了命令行工具，用于注釋自己的基因組變異信息，支持SNV, CNV, 融合基因等信息的注釋，該工具名為oncokb-annotator, 網(wǎng)址如下

https://github.com/oncokb/oncokb-annotator

該數(shù)據(jù)庫中的信息已經(jīng)被整合到了cBioPortal中，可以幫助科學(xué)家們更好的開展腫瘤研究。

感謝你能夠認(rèn)真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“OncoKB數(shù)據(jù)庫有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識等著你來學(xué)習(xí)!

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