mutagene是什么數(shù)據(jù)庫

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mutagene是一個(gè)腫瘤突變頻譜數(shù)據(jù)庫，從ICGA, TCGA等腫瘤項(xiàng)目中收集整理蛋白編碼基因上的體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)，分析識(shí)別對(duì)應(yīng)的突變頻譜

網(wǎng)址如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/mutagene/
通過Explore菜單，可以查看數(shù)據(jù)庫中收錄的突變頻譜信息，包括兩個(gè)部分

1. Mutational profiles

根據(jù)以下4種條件，分別計(jì)算突變頻譜

1. Cancer types

2. Primary tumor sites

3. Benign samples

4. Cancer Census Genes

   
   

   
   

以腫瘤類型為例，結(jié)果示意如下

每個(gè)突變頻譜用一個(gè)MG開頭的編號(hào)唯一標(biāo)識(shí)，提供了對(duì)應(yīng)的頻率分布柱狀圖，示意如下

2. Mutational signatures

采用NMF非負(fù)矩陣分解算法，從突變頻譜中提取突變特征，提供了以下幾種特變特征

1. MUTAGENE-5 signatures

2. MUTAGENE-10 signaltures

3. COSMIC-30 signatures

   
   

結(jié)果如下所示

通過Compare可以比較不同的突變頻譜，根據(jù)樣本的突變頻譜進(jìn)行聚類，結(jié)果示意如下

多個(gè)突變頻譜的比較，結(jié)果用熱圖來呈現(xiàn)，定義了以下4種距離來衡量不同突變頻譜之間的差異

1. Chi-squared distance

2. Cosine distance

3. Helliger distance

4. Jensne-Shannon distance

   
   

詳細(xì)的計(jì)算公式可以參考官方文檔，多個(gè)頻譜比較的熱圖示意如下

個(gè)突變頻譜的比較，結(jié)果包含以下4個(gè)部分

1. Scatterplot

用散點(diǎn)圖的形式展示突變頻率在兩種頻譜頻譜中的分布，結(jié)果示意如下

2. Log-ratio plot

計(jì)算兩種頻譜中的頻率比值的對(duì)數(shù)，大于0代表在一組中高表達(dá)，小于0代表在另一組中高表達(dá)，用柱狀圖的形式展示log ratio的值，結(jié)果示意如下

3. Histograms

將兩種頻譜的柱狀圖放在一起，便于比較，結(jié)果示意如下

4.  Distance measures

結(jié)果示意如下

除此之外，官網(wǎng)還支持上傳VCF文件，計(jì)算突變頻譜等功能，更多用法請(qǐng)參考官網(wǎng)的幫助文檔。

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