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這篇文章主要為大家展示了“TCGA臨床信息如何正確的保存格式”，內(nèi)容簡(jiǎn)而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領(lǐng)大家一起研究并學(xué)習(xí)一下“TCGA臨床信息如何正確的保存格式”這篇文章吧。
TCGA臨床信息如何正確的保存格式, 避免錯(cuò)行，錯(cuò)列的情況
TCGA的臨床數(shù)據(jù)，經(jīng)過TCGAbiolinks 下載之后，需要保存到文件中，一般大家都希望保存的文件能夠采用excel 打開。
但是臨床數(shù)據(jù)中存在幾個(gè)問題：
1. 一些值缺失，沒有值填充
2， 一些字段中存在空格，逗號(hào)等
如果直接采用R中的 write.table進(jìn)行讀寫，經(jīng)常會(huì)存在數(shù)據(jù)錯(cuò)行，字段錯(cuò)列的情況,主要的原因是該函數(shù)默認(rèn)采用tab格式 ：“\t” 進(jìn)行數(shù)據(jù)分割，而excel 無法區(qū)分 空格和tab。
這就需要采用一個(gè)臨床信息中沒有的分隔符，對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分割 ，比如，采用星號(hào)（*）去分割。
# 將數(shù)據(jù)保存到文件 clinical_file <- paste0(DataDirectory, "_","clinical",".txt") write.table(clinical, file = clinical_file, row.names = F, col.names=T,quote = T,sep='*',na = "NA")
之后打開excel 時(shí)，對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分列，同樣選用星號(hào)（*） 即可。
以上是“TCGA臨床信息如何正確的保存格式”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！
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