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這篇文章將為大家詳細講解有關3CDB數(shù)據(jù)庫有什么用,小編覺得挺實用的,因此分享給大家做個參考,希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。
3CDB是一個染色質空間互作的數(shù)據(jù)庫,根據(jù)特定的關鍵詞從pubmed數(shù)據(jù)庫中進行文獻檢索,查找基于3C技術研究染色質互作的文獻,并從中提取染色質互作信息。
數(shù)據(jù)庫網址如下
http://3cdb.big.ac.cn/index.jsp
收錄了來自17個物種,共3319個染色質片段互作信息。不同物種數(shù)據(jù)量分布如下
3C實驗涉及到的DNA內切酶分布如下
通過首頁的Data Browser
菜單,可以從以下四個方面瀏覽該數(shù)據(jù)庫中的內容
Species
Cell line
Enzyme
Gene
以物種為例,界面如下所示
點擊物種對應的Locus
, 可以查看具體的互作信息列表,結果示意如下
點擊第一列的編號,可以查看詳細信息,示意如下
給出了對應的細胞系,內切酶,引物,文獻等詳細信息。該數(shù)據(jù)庫中的信息是可以免費下載的,鏈接如下
http://3cdb.big.ac.cn/pages/download.jsp
通過該數(shù)據(jù)庫,可以獲得高可信度的染色質互作信息。
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