3DIV數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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3DIV全稱如下

3D-genome Interaction Viewer and databse

是一個(gè)染色質(zhì)空間互作的數(shù)據(jù)庫(kù)，通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)可以查詢與某個(gè)感興趣的染色質(zhì)區(qū)域互作的所有染色質(zhì)片段信息，是一種one-to-all的查詢模式

數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址如下

http://kobic.kr/3div/

利用GEO等公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載Hi-C原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，得到染色質(zhì)互作信息。對(duì)于染色質(zhì)區(qū)域，進(jìn)一步提供了以下3種注釋信息

1. gene annotation

2. gwas snp annotaion

3. chip singal annotation

   
   

數(shù)據(jù)庫(kù)中存儲(chǔ)的所有信息如下圖所示

對(duì)于輸入的特定染色質(zhì)區(qū)域，首先是記錄了hi-c圖譜中與之互作的染色質(zhì)區(qū)域，其次提供了該區(qū)域內(nèi)各種組蛋白修飾的信號(hào)分布，對(duì)應(yīng)的基因和位于該區(qū)域內(nèi)的疾病相關(guān)的snp位點(diǎn)。

該數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢功能分為下圖所示的三個(gè)模塊

1.  Interaction Table

該模塊用于查詢某段染色質(zhì)區(qū)域?qū)?yīng)的互作信息，支持輸入染色質(zhì)區(qū)域，基因名稱，rs號(hào)3種數(shù)據(jù)格式，查詢結(jié)果如下所示

輸出特定樣本中與查詢區(qū)域存在互作的bin區(qū)域，并給出對(duì)應(yīng)的距離，以及歸一化前后的互作頻率，后續(xù)的其他列為bin區(qū)域?qū)?yīng)的注釋信息。

2.  Interaction visualization

該模塊用于查看指定區(qū)域的hi-C圖譜，結(jié)果示意如下

藍(lán)色三角形表示拓?fù)潢P(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域TAD, 中間部分為輸入的區(qū)域與其他bin的互作頻率，藍(lán)色柱子為原始的頻率，粉紅色的散點(diǎn)為校正之后的互作頻率，其中的綠色水平線是過(guò)濾的閾值，大于該閾值的兩個(gè)互作染色質(zhì)區(qū)域會(huì)通過(guò)最下方的曲線來(lái)連接。

3.  Comparative interaction visualization

該模塊用于比較多個(gè)樣本中染色質(zhì)互作信息，結(jié)果示意如下

可以看到在vs信息欄中不同樣本分別用紅色和藍(lán)色表示，而Hi-C圖譜中也是對(duì)應(yīng)藍(lán)色和紅色，其中藍(lán)色區(qū)域代表該區(qū)域的互作頻率在藍(lán)色樣本中高，紅色區(qū)域代表該區(qū)域的互作頻率在紅色樣本中高，下面的圖的含義和模塊II中相同。

通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)，可以檢索和查看基于hi-c數(shù)據(jù)的染色質(zhì)互作信息。

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