TiED數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

這篇文章主要介紹TiED數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用，文中介紹的非常詳細(xì)，具有一定的參考價(jià)值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

TiED是一個(gè)人類增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)10種不同組織中的增強(qiáng)子表進(jìn)行定量和分析，鑒定了增強(qiáng)子的組織特異性，網(wǎng)址如下

http://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED/

首先綜合H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3和DHS的結(jié)果來識(shí)別增強(qiáng)子區(qū)域，從Roadmap和ENCODE下載chip_seq數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，將在DHS, H3K27ac, H3K4me1 peak 2kb范圍內(nèi)，含有較高H3K4me1修飾水平，較低H3K4me3水平的基因組區(qū)域作為候選的增強(qiáng)子區(qū)域，然后過濾掉與蛋白編碼基因TSS位點(diǎn)上游1kb存在overlap的增強(qiáng)子，得到最終的增強(qiáng)子區(qū)域。

對(duì)于增強(qiáng)子區(qū)域，提供了以下幾種注釋信息

1. SNP位點(diǎn)注釋
   提供了增強(qiáng)子區(qū)域內(nèi)存在的SNP位點(diǎn)的注釋

2. 轉(zhuǎn)錄因子注釋
   對(duì)潛在的調(diào)控增強(qiáng)子的轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行注釋

3. 靶基因注釋
   將增強(qiáng)子上下游100kb范圍內(nèi)的蛋白基因定義為該增強(qiáng)子可能的靶基因

4. 靶基因組織特異性注釋
   根據(jù)GTEx項(xiàng)目提供的基因表達(dá)量信息，分析增強(qiáng)子的靶基因在下圖所示的10種組織中的表達(dá)情況，并計(jì)算組織特異性

   
   

根據(jù)靶基因的組織特異性，將增強(qiáng)子劃分為以下3類

1. specific enhancer

2. ubiquitous enhancer

3. other enhancer

   
   

其中specific ehhancer簡(jiǎn)寫為TS enhancer, ubiquitous enhancer簡(jiǎn)寫為UE enhancer。

其次結(jié)合CAGE測(cè)序的結(jié)果來識(shí)別增強(qiáng)子對(duì)應(yīng)的RNA,即eRNA. 如果CAGE測(cè)序的peak位于增強(qiáng)子區(qū)域，說明該增強(qiáng)子轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生了eRNA。

通過首頁的檢索框，可以根據(jù)組織，轉(zhuǎn)錄因子，基因名稱或者基因組位置對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索。以Heart組織為例，結(jié)果示意如下

增強(qiáng)子編號(hào)以enh前綴加數(shù)字編號(hào)開頭，提供了基因組區(qū)域，eRNA注釋，組織特異性注釋等信息。點(diǎn)擊增強(qiáng)子編號(hào)，可以查看以下幾種詳細(xì)信息

1. 轉(zhuǎn)錄因子

2. SNP

3. Tatget Gene

通過Browser菜單，可以查看某個(gè)組織內(nèi)的TF-enhancer-gene調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息是免費(fèi)下載的，通過該數(shù)據(jù)庫(kù)，除了增強(qiáng)子基因組區(qū)域的基本注釋外，還可以得到轉(zhuǎn)錄因子和增強(qiáng)子的調(diào)控關(guān)系，以及增強(qiáng)子和基因的調(diào)控關(guān)系。

以上是“TiED數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有幫助，更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！