GTRD數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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GTRD從SRA, GEO, ENCODE等公共數(shù)據(jù)庫(kù)中收集轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的chip_seq數(shù)據(jù)，采用標(biāo)準(zhǔn)流程進(jìn)行peak calling分析，并基于已有的轉(zhuǎn)錄因子motif數(shù)據(jù)，預(yù)測(cè)了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)TFBS, 數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址如下

http://gtrd.biouml.org/

整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的pipeline示意如下

采用bowtie2將reads與基因組進(jìn)行比對(duì)，并利用MACS,SISSRS等4款軟件進(jìn)行peak calling, 得到轉(zhuǎn)錄因子的peak區(qū)域。

對(duì)于同一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，同一種peak caling軟件得到的peak區(qū)域，如果兩個(gè)peak區(qū)間的中心距離小于50bp的話，就合并為一個(gè)區(qū)間，此采用這種方式來(lái)對(duì)原始的peak進(jìn)行聚類，即cluster。

對(duì)于同一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，多種peak calling軟件得到的所有peak區(qū)域，將peak中心小于50bp的peak區(qū)間歸類為一組，并從中根據(jù)軟件的優(yōu)先級(jí)選取一個(gè)peak作為代表，各個(gè)軟件優(yōu)先級(jí)從高到低為GEM, PICS, MACS, SISSRs，這種聚類方式稱之為MetaClusters, 構(gòu)建出一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子所有的非冗余peak區(qū)間。

該數(shù)據(jù)庫(kù)常用的使用場(chǎng)景如下

1. 查詢轉(zhuǎn)錄因子chip_seq原始數(shù)據(jù)

2. 查找基因上的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)

3. 查詢轉(zhuǎn)錄因子的靶基因

除了在線查詢外，該數(shù)據(jù)庫(kù)還開放下載功能， 鏈接如下

http://gtrd.biouml.org/downloads/19.04/chip-seq/

GTRD收錄的轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)據(jù)最多最全面，其查詢轉(zhuǎn)錄因子靶基因的功能真的是非常實(shí)用。

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