SomamiR數據庫有什么用

這篇文章主要介紹了SomamiR數據庫有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

miRNA可以與多找RNA分子進行結合，從而在ceRNA調控網絡中發(fā)揮重要作用。ceRNA作為一種細胞內源性的調控機制，當miRNA的結合發(fā)生異常時，其調控功能也隨著收到影響，從而可能導致疾病的發(fā)生。

對于腫瘤這類復雜疾病，科學家們嘗試從基因組，轉錄組等多個組學，不同層次去分析和挖掘有效信息。在基因組層面，包括了以體細胞突變?yōu)橹黧w的多種基因組變異研究，在轉錄組層面，包括以ceRNA調控網絡為制高點的多項分析內容。由于生命活動的復雜性，單一組學能夠解釋的信息有限，將多組學數據聯(lián)合起來分析，從各個層面和角度去解讀實驗現(xiàn)象，是未來研究的趨勢。

SomamiR數據庫的開發(fā)者基于miRNA結合位點的基因組變異可能對ceRNA調控網絡造成影響的思想，從而將基因組變異和轉錄組數據聯(lián)系起來。該數據庫收集整理了各種腫瘤的體細胞突變位點，這些位點位于miRNA上或者miRNA結合位點區(qū)域，可能會對miRNA與靶標分子的結合構成影響，數據庫網址如下

http://compbio.uthsc.edu/SomamiR/

正如下圖所示，我們可以從六個方面來檢索和查看該數據庫中的信息

對于腫瘤相關的體細胞突變位點，可以簡單分成兩類，第一類位點直接位于miRNA上，第二類位點位于miRNA結合位點區(qū)域，對于這第二類，根據miRNA結合區(qū)域分析的方法，又細分成三個小類，分別是通過CLASH實驗手段驗證過的miRNA結合區(qū)域；通過RAP-CLIP,HIS-CLIP實驗手段驗證的miRNA結合區(qū)域和通過軟件預測的miRNA結合區(qū)域。以上這些對應上圖中左側所示的四個方框。

以直接位于miRNA基因區(qū)域的體細胞突變位點為例，檢索框如下

可以選擇對應的腫瘤類型，檢索結果示意如下

第二類位點的檢索方式是一樣的，只不過對于不同的檢測方法，展示的具體信息稍有差別，以CLASH為例，示意如下

會給出CLASH數據分析得到的miRNA結合位點，和位于該區(qū)域內的體細胞突變的詳細信息。

除了直接提供腫瘤相關的體細胞突變位點外，為了更好的研究其功能，還提供了對應的這些突變位點所在基因參與的pathway信息，示意如下

同時還從文獻中收集整理了增加患病風險的突變位點信息， 結果示意如下

該數據庫將基因組變異和轉錄組聯(lián)系起來的分析思路值得我們借鑒。

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