circ2Traits數(shù)據(jù)庫有什么用

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miRNA的研究起步很早，miRNA與疾病相關(guān)的文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)庫也相對成熟，而circRNA作為最近興起的一種RNA, 可以作為miRNA  sponger與miRNA結(jié)合， 發(fā)揮轉(zhuǎn)錄后調(diào)控功能。

circ2Traits是一個(gè)環(huán)狀RNA相關(guān)的疾病或者特殊性狀的數(shù)據(jù)庫，通過分析環(huán)狀RNA與那些疾病相關(guān)的miRNA的相互作用，從而在環(huán)狀RNA和疾病之間建立起關(guān)聯(lián)。同時(shí)為了進(jìn)一步分析環(huán)狀RNA在疾病中的調(diào)控路徑，還構(gòu)建了circRNA的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。該數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://gyanxet-beta.com/circdb/

數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建需要依賴以下4種信息，對應(yīng)的來源描述如下

1. 從miR2disease數(shù)據(jù)庫得到疾病相關(guān)的miRNA信息

2. 從Memzcak等人的研究中得到環(huán)狀RNA與miRNA的相互作用關(guān)系

3. 從starBase數(shù)據(jù)庫得到miRNA-mRNA的相互作用信息

4. 從miRCode數(shù)據(jù)庫得到miRNA和lncRNA的相互作用信息

目前官網(wǎng)只提供了數(shù)據(jù)下載的功能，示意如下

第一個(gè)文件是ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)信息，內(nèi)容示意如下，第一類為miRNA,第二列為protein coding或者lncRNA轉(zhuǎn)錄本，第三列為環(huán)狀RNA,第四列為疾病的名稱

第二個(gè)文件是環(huán)狀RNA的所有信息，包含了circRNA-miRNA和circRNA和miRNA結(jié)合區(qū)域的SNP信息，內(nèi)容列數(shù)很多，截取如下

通過該數(shù)據(jù)庫，可以得到疾病相關(guān)的環(huán)狀RNA信息，同時(shí)其分析疾病相關(guān)的環(huán)狀RNA的思路和將circRNA,ceRNA，SNP信息整合的策略都值得借鑒。