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plantcircbase數(shù)據(jù)庫有什么用

發(fā)布時間：2022-01-17 10:10:58 來源：億速云 閱讀：113 作者：小新 欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章將為大家詳細講解有關(guān)plantcircbase數(shù)據(jù)庫有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

plantcircBase是一個植物環(huán)狀RNA的數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php

該數(shù)據(jù)庫包含了以下13個物種的環(huán)狀RNA信息

  1. Arabidopsis thaliana

  2. Gossypium arboretum

  3. Gossypium hirsutum

  4. Glycine max

  5. Gossypium raimondii

  6. Hordeum vulgare

  7. Oryza sativa

  8. Poncirus trifoliata

  9. Solanum lycopersicum

  10. Solanum tuberosum

  11. Triticum aestivum

  12. Tea tree

  13. Zea mays


收錄了來自這13個物種共98317個環(huán)狀RNA，利用物種對應(yīng)的RNA_seq數(shù)據(jù)，采用了多款生物信息學(xué)軟件進行預(yù)測，以擬南芥為例，每款軟件預(yù)測的環(huán)狀RNA數(shù)量如下

plantcircbase數(shù)據(jù)庫有什么用

通過導(dǎo)航欄的Browse菜單，可以瀏覽不同物種環(huán)狀RNA的記錄，示意如下

plantcircbase數(shù)據(jù)庫有什么用

擬南芥共收錄了4916個環(huán)狀RNA,結(jié)果示意如下

plantcircbase數(shù)據(jù)庫有什么用

點擊環(huán)狀RNA的name,可以查看詳細信息，示意如下

plantcircbase數(shù)據(jù)庫有什么用

通過導(dǎo)航欄的Visualize菜單，可以通過可視化的方式查看環(huán)狀RNA的結(jié)構(gòu)，示意如下

plantcircbase數(shù)據(jù)庫有什么用

除了染色體位置，來源基因，序列等基本信息外，該數(shù)據(jù)庫還提供了circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)信息，通過菜單欄的Network菜單，可以查看特定環(huán)狀RNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果示意如下

plantcircbase數(shù)據(jù)庫有什么用

關(guān)于“plantcircbase數(shù)據(jù)庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，使各位可以學(xué)到更多知識，如果覺得文章不錯，請把它分享出去讓更多的人看到。

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