CSCD數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

這篇文章給大家分享的是有關(guān)CSCD數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用的內(nèi)容。小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，一起跟隨小編過(guò)來(lái)看看吧。

CSCD收錄了腫瘤特異性的環(huán)狀RNA, 采用生物信息學(xué)手段分析87個(gè)腫瘤樣本中的circRNA, 并篩選出只在腫瘤患者中表達(dá)的環(huán)狀RNA,該數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)址如下

http://gb.whu.edu.cn/CSCD/

目前共收錄了272152個(gè)腫瘤特異性的環(huán)狀RNA,在利用RNA_seq數(shù)據(jù)分析環(huán)狀RNA的過(guò)程中,使用了以下4款軟件來(lái)識(shí)別環(huán)狀RNA

1. CIRI

2. find_circ

3. circRNA_finder

4. circexplorer

   
   

在官網(wǎng)首頁(yè),可以根據(jù)樣本,來(lái)源基因,細(xì)胞定位對(duì)結(jié)果進(jìn)行篩選，示意如下

檢索結(jié)果中,每一行為一個(gè)circRNA,會(huì)給出circRNA來(lái)源基因名稱,對(duì)應(yīng)的樣本名稱,所用軟件的名稱和對(duì)應(yīng)的表達(dá)量。點(diǎn)擊每行的環(huán)狀RNA,在右側(cè)面板會(huì)給出來(lái)源基因和該環(huán)狀RNA的詳細(xì)信息,對(duì)于來(lái)源基因,詳細(xì)信息如下所示

1. overview

這部分將基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化,矩形區(qū)域代表外顯子,黑色實(shí)線代表內(nèi)含子,同時(shí)用曲線標(biāo)記環(huán)狀RNA在來(lái)源基因上的位置,用折線代表可變剪切事件,示意如下

2. Gene

這部分給出基因的染色體位置,示意如下

3. Transcript

這部分給出轉(zhuǎn)錄本的染色體位置,示意如下

4. circRNA

這部分給出環(huán)狀RNA的染色體位置,示意如下

5. Splice

這部分給出可變剪切事件的染色體位置,示意如下

對(duì)于環(huán)狀RNA,詳細(xì)信息如下所示

1. overview

這部分對(duì)環(huán)狀RNA的結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化,同時(shí)提供了對(duì)應(yīng)的miRNA結(jié)合位點(diǎn),蛋白結(jié)合位點(diǎn),ORF區(qū)域的可視化,示意如下

2. circRNA

這部分給出環(huán)狀RNA的染色體位置,示意如下

3. MRE

MRE代表miRNA的結(jié)合位點(diǎn),采用targetscan軟件進(jìn)行預(yù)測(cè),結(jié)果如下所示

4. RBP

RBP代表RNA binding protein,采用HITS_CLIP測(cè)序數(shù)據(jù)得到,示意如下

5. ORF

ORF代表開(kāi)發(fā)閱讀框,用于分析circRNA的編碼潛能,結(jié)果如下所示

該數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)是可以免費(fèi)下載的,其分析腫瘤特異性的思路以及針對(duì)環(huán)狀RNA的分析內(nèi)容值得借鑒。