circRNADb數(shù)據(jù)庫有什么用

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circRNA是一類新發(fā)現(xiàn)的ncRNA, 和線性的pre-mRNA相比，缺少了5’端帽子和3’端polyA等結(jié)構(gòu)，其頭尾相連形成一個閉合的環(huán)狀結(jié)構(gòu),更加的穩(wěn)定。

相關(guān)研究表明,環(huán)狀RNA具有重要的生物學(xué)功能, 可以調(diào)控基因表達，作為miRNA sponge與miRNA結(jié)合, 也可以結(jié)合RNA binding蛋白，部分環(huán)狀RNA還具有蛋白編碼潛能,環(huán)狀RNA的研究有助于我們進一步理解轉(zhuǎn)錄水平的復(fù)雜性。

circRNAdb是一個人類環(huán)狀RNA的數(shù)據(jù)庫，只收錄了由exon反向剪切后形成的環(huán)狀RNA,示意圖如下

該數(shù)據(jù)庫中收錄的circRNA其頭尾都對應(yīng)線性環(huán)狀RNA上的exon,網(wǎng)址如下

http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb/circRNADb.php

最新版的數(shù)據(jù)庫中共收錄了32914個circRNA, 不僅提供了染色體位置,序列等基本信息,還提供了蛋白編碼潛能等注釋信息。

通過導(dǎo)航欄的View All RNAs功能,可以直接查看所有的環(huán)狀RNA信息,示意如下

點擊紅色的circ_id可以查看詳細(xì)信息,以hsa_circ_00001為例,包含了以下結(jié)果

1. 基本信息

該數(shù)據(jù)庫中的circRNA id前綴為hsa_circ, 后面以5位數(shù)字編號唯一區(qū)分，基本信息包含了染色體位置，正負(fù)鏈,來源基因,基因組長度, 對應(yīng)的樣本,示意如下

2. 轉(zhuǎn)錄本信息

根據(jù)環(huán)狀RNA頭尾的染色體位置,在RefSeq轉(zhuǎn)錄本中根據(jù)exon的位置進行查找。由于可變剪切的存在,一個環(huán)狀RNA可能對應(yīng)到多個轉(zhuǎn)錄本上,此時隨機挑選一個剪切長度最長的即可。

3. 蛋白質(zhì)編碼潛能

給出了IRES和ORF的位置，示意如下

4. 參考文獻

根據(jù)數(shù)據(jù)庫中收錄的所有circRNA,進行了一些簡單的匯總分析

1. 染色體上環(huán)狀RNA數(shù)量統(tǒng)計

2. 環(huán)狀RNA外顯子個數(shù)分布

3. 環(huán)狀RNA長度分布

4. 環(huán)狀RNA外顯子位置分布

5. 同一基因?qū)?yīng)的環(huán)狀RNA個數(shù)分布

該數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)是可以免費下載的,為我們研究人類的環(huán)狀RNA提供了一個參考。

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