Lnc2Catlas數(shù)據(jù)庫有什么用

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lnc2Catlas是一個腫瘤相關(guān)的lncRNA數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

https://lnc2catlas.bioinfotech.org/home/

通過以下三種計算方式來分析腫瘤相關(guān)的lncRNA

1. 通過RNAsnp預(yù)測SNP對lncRNA二級結(jié)構(gòu)的影響，如果一個疾病相關(guān)的SNP位點位于某個lncRNA上，并且引起了lncRNA二級結(jié)構(gòu)的改變，則認(rèn)為該lncRNA與腫瘤有關(guān)

2. 通過MaalCards和其他數(shù)據(jù)庫分析lncRNA與protein之間的相互作用，如果一個lncRNA的互作蛋白與腫瘤相關(guān)，則認(rèn)為該lncRNA也與腫瘤相關(guān)

3. 通過lncRNA與mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，利用TCGA數(shù)據(jù)庫中的腫瘤表達(dá)譜數(shù)據(jù)，構(gòu)建lncRNA-mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，然后進(jìn)行commmunity分析，得到高度相關(guān)的lncRNA與mRNA的集合，并進(jìn)行后續(xù)的富集分析

   
   

目前該數(shù)據(jù)庫中共收錄了33種腫瘤，27670個lncRNA轉(zhuǎn)錄本的信息，通過Browse按鈕，可以按照腫瘤類型查看相關(guān)信息，以乳腺癌為例，結(jié)果如下

1. 基本信息

2. 疾病相關(guān)的SNP位點

3. 疾病相關(guān)的蛋白編碼基因

4. 疾病相關(guān)的lncRNA

5. 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)

每個子網(wǎng)是從利用總的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行community分析的結(jié)果，示意如下

通過Search按鈕，可以根據(jù)lncRNA id, snp id, 疾病名字對數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索，以lncRNAENST00000604692.1為例，包含了以下幾種信息

1. 基本信息

包含lncRNA Id, 染色體定位，序列，二級結(jié)構(gòu)等信息，示意如下

2，影響lncRNA二級結(jié)構(gòu)的SNP位點

3. lncRNA與蛋白的相互作用

4. lncRNA在腫瘤中的表達(dá)譜

5. lncRNA與蛋白編碼基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)

對于共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)中的cluster, 還提供了GO富集分析結(jié)果，示意如下

6. 文獻(xiàn)支持

該數(shù)據(jù)庫提供了下載功能，示意如下

感謝你能夠認(rèn)真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“Lnc2Catlas數(shù)據(jù)庫有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識等著你來學(xué)習(xí)!