CANTATAdb數(shù)據(jù)庫有什么用

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CANTATAdb數(shù)據(jù)庫收錄了植物中的lncRNA信息，主要通過l軟件預(yù)測的方式識別植物中的lncRNA, 目前包含來自39個物種共239631個lncRNA，是目前最大的植物lncRNA數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://yeti.amu.edu.pl/CANTATA/

通過從NCBI的SRA和EBI的ENA數(shù)據(jù)庫中收集植物的RNA_seq數(shù)據(jù)，通過比對組裝得到轉(zhuǎn)錄本序列，然后通過CNCI軟件來預(yù)測lncRNA。

通過導(dǎo)航欄的Search菜單，可以從下拉列表中選擇感興趣的物種，查看對應(yīng)的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa為例，檢索框示意如下

可以通過CNCI軟件預(yù)測結(jié)果，肽段長度，表達(dá)量，外顯子個數(shù)等參數(shù)對結(jié)果進(jìn)行篩選。網(wǎng)頁的第二部分展示的是篩選后的結(jié)果總數(shù)，示意如下

第三部分為最終結(jié)果，示意如下

在該數(shù)據(jù)庫中，每個轉(zhuǎn)錄本ID以CNCT開頭，給出了染色體位置，CNCI軟件的打分值，和swiss-prot蛋白數(shù)據(jù)庫比對的結(jié)果，最大肽段長度，最大表達(dá)量，外顯子個數(shù)等信息，點(diǎn)擊Details可以查看以下詳細(xì)信息

1. Blast

2.  表達(dá)量

3. 肽段預(yù)測結(jié)果

4.  序列

該數(shù)據(jù)庫中的lncRNA信息是可以免費(fèi)下載的，提供了FASTA和GTF兩種格式，示意如下

該數(shù)據(jù)庫中收錄的物種是最多的，做植物lncRNA研究的可以關(guān)注下這個數(shù)據(jù)庫。

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