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lncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

發(fā)布時(shí)間：2022-01-15 17:13:23 來(lái)源：億速云 閱讀：149 作者：小新 欄目：大數(shù)據(jù)

小編給大家分享一下lncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

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lncRNome是一個(gè)綜合性的人類lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù)，中收錄了超過(guò)17000個(gè)lncRNA,網(wǎng)址如下

http://genome.igib.res.in/lncRNome/

在該數(shù)據(jù)庫(kù)中，提供了以下幾種lncRNA的信息

  1. 染色體位置

  2. 基因類型

  3. 功能描述

  4. 相關(guān)疾病


除此之外，利用多組學(xué)分析，還提供了以下兩種信息

  1. lncRNA相互作用的蛋白

  2. lncRNA上的SNP位點(diǎn)

  3. lncRNA上的甲基化位點(diǎn)/組蛋白修飾區(qū)域


官網(wǎng)提供了多種檢索方式，可以通過(guò)lncRNA Id, 染色體編號(hào)，基因類型等方式進(jìn)行檢索，示意如下

lncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

以HOTAIR為例，檢索結(jié)果包含以下信息

1. 基本信息

這部分包含了lncRNA的name, 類型，染色體定位，長(zhǎng)度，相關(guān)疾病，文獻(xiàn)等信息，示意如下

lncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

2. 序列和二級(jí)結(jié)構(gòu)

lncRNA的序列來(lái)自UCSC，二級(jí)結(jié)構(gòu)采用RNAfold軟件預(yù)測(cè)得到，示意如下

lncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

3.  與蛋白質(zhì)的相互作用

lncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

4. 位于lncRNA區(qū)域的SNP位點(diǎn)

lncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

5. 相關(guān)的表觀修飾

包含了甲基化和組蛋白修飾信息，示意如下

lncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

該數(shù)據(jù)庫(kù)是免費(fèi)下載的，可以下載以下數(shù)據(jù)

lncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用


以上是“l(fā)ncRNome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！

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