chipBase數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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轉(zhuǎn)錄調(diào)控是生命活動(dòng)中重要的調(diào)控機(jī)制，通過(guò)chip_seq數(shù)據(jù)，我們可以得到轉(zhuǎn)錄因子或者組蛋白修飾和基因之間的調(diào)控關(guān)系。chipBase數(shù)據(jù)庫(kù)收集了來(lái)自10個(gè)物種共一萬(wàn)多個(gè)樣本的chip_seq數(shù)據(jù)，整理出了轉(zhuǎn)錄因子和各種基因，包括蛋白編碼基因，lncRNA,miRNA, tRNA等ncRNA之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，該數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址如下

http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/index.php

該數(shù)據(jù)不僅提供了轉(zhuǎn)錄因子和各種基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，還提供了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)和motif的信息，同時(shí)利用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的RNA_seq數(shù)據(jù)，分析了轉(zhuǎn)錄因子和基因之間的共表達(dá)關(guān)系，整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建流程示意如下

chip_seq數(shù)據(jù)包含了兩種類(lèi)型，一種是轉(zhuǎn)錄因子，另外一種是組蛋白修飾，從chip_seq的數(shù)據(jù)中，可以分析得到結(jié)合位點(diǎn)的區(qū)域，稱(chēng)之為peak。

通過(guò)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，可以進(jìn)一步分析結(jié)合區(qū)域的motif, 還可以通過(guò)peak區(qū)域的基因注釋?zhuān)玫睫D(zhuǎn)錄因子和各種基因之間的調(diào)控關(guān)系。

該數(shù)據(jù)庫(kù)將基因分成了以下幾類(lèi)

1. LncRNA

2. miRNA

3. OtherNcRNA

4. Protein

   
   

每個(gè)類(lèi)別對(duì)應(yīng)一個(gè)子菜單，以LncRNA為例，可以檢索得到某個(gè)轉(zhuǎn)錄因子與lncRNA之間的調(diào)控關(guān)系，檢索框示意如下

通過(guò)chip_seq數(shù)據(jù)分析轉(zhuǎn)錄因子與基因的調(diào)控關(guān)系，實(shí)際上是通過(guò)對(duì)peak區(qū)間進(jìn)行基因注釋得到的，由于結(jié)合位點(diǎn)位于基因的附近，所以通常會(huì)指定一個(gè)區(qū)域，比如上下游各延伸1kb, 如果兩個(gè)區(qū)間重疊，就認(rèn)為二者之間存在一個(gè)調(diào)控關(guān)系。

檢索結(jié)果示意如下，給出了轉(zhuǎn)錄因子CTCF所有可能調(diào)控的lncRNA

通過(guò)Regulator菜單，可以檢索調(diào)控某個(gè)基因的所有轉(zhuǎn)錄因子，以TP53為例，檢索結(jié)果示意如下

通過(guò)Motif菜單，可以查看轉(zhuǎn)錄因子motif分析的結(jié)果，結(jié)果示意如下

除此之外，官網(wǎng)還提供了以下兩個(gè)工具

1. ChIP-Function

對(duì)轉(zhuǎn)錄因子所有調(diào)控的靶基因，進(jìn)行GO富集分析，結(jié)果示意如下

2. Co_Expression

利用從TCGA等公共數(shù)據(jù)庫(kù)中整理的約2000個(gè)RNA_seq的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，分析指定基因的共表達(dá)關(guān)系， 結(jié)果示意如下

通過(guò)計(jì)算pearson相關(guān)系數(shù)和線性回歸來(lái)分析兩個(gè)基因表達(dá)量之間的相關(guān)性，并給出如下所示的結(jié)果

通過(guò)chipBase數(shù)據(jù)庫(kù)，可以方便的查看轉(zhuǎn)錄因子和各種基因之間的調(diào)控關(guān)系。

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