lnc2Cancer數(shù)據(jù)庫有什么用

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lnc2Cancer是一個從文獻中收集整理的人類lncRNA相關(guān)腫瘤信息的數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/

目前最新版本是v2.0, 相比v1.0, 收錄的lncRNA數(shù)量，腫瘤亞型數(shù)量，lncRNA與腫瘤相關(guān)聯(lián)的數(shù)量都顯著增長，示意如下

在該數(shù)據(jù)庫中，將lncRNA與腫瘤的關(guān)系分成了以下類別

1. Circulating lncRNA-cancer

2. Prognositc lncRNA-cancer

3. Drug resistant lncRNA-cancer

   
   

根據(jù)患病與治療的不同階段，分成了腫瘤發(fā)生期，預(yù)后，抗藥性3個方面；同時，還給出了文獻中報導(dǎo)的，調(diào)控lncRNA的其他分子信息，包括以下幾種

1. TF

2. miRNA

3. variant

4. methylation

   
   

通過Browser功能，可以根據(jù)lncRNA或者cancer查看相關(guān)結(jié)果，以HOTAIR這個lncRNA為例，結(jié)果如下

不僅給出了相關(guān)疾病的名稱，文獻，還給出了驗證的方法，表達(dá)趨勢等信息，點擊details, 可以進一步查看具體的細(xì)節(jié)。

對于文獻中采用的NGS數(shù)據(jù)，可以通過HIGH-THROUGHPUT查看，示意如下

通過對應(yīng)的GEO編號，可以下載到原始數(shù)據(jù)，可以方便我們基于別人已有的數(shù)據(jù)去進行分析。

該數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)是免費下載的，示意如下

相比lncrnadisease數(shù)據(jù)庫，ln2Cacner專注腫瘤領(lǐng)域，而且做了細(xì)致的劃分，同時也提供了相關(guān)的TF, miRNA, SNP,  甲基化等信息。

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